咱们接着之前的故事说，小智一行人在经历了一系列冒险后，来到了杰可罗拉群岛。之前在船上，他们参加了“海洋杯锦标赛”，还碰上了宝石被盗的案子，好在酒侍侦探天桐机智，把案子给破了 。可这一路，他们的旅程也不是一帆风顺，各种挑战和意外不断，不过这也让他们的关系更加紧密，对宝可梦的了解也越来越深。
小智一行人来到了杰可罗拉群岛中最大的岛屿大岛。他们打算穿过大岛的大直路，前往岛的另一面。一路上，大家有说有笑，可谁能想到，一场意外即将打破这份和谐。
走着走着，他们遇见了一只罕见的宝可梦土龙弟弟。小智一看到就兴奋起来，宝可梦训练家的本能让他立刻想要收服土龙弟弟。他迅速抛出精灵球，可土龙弟弟哪会这么容易被收服，它发出刺耳声攻击，强大的音波让小智根本靠近不了。受到这刺耳声的影响，小智一个不稳，不小心踏碎了牙牙送给艾莉丝的花饰。这花饰对艾莉丝来说意义非凡，是牙牙的心意，她瞬间就生气了。
这边牙牙也慌了神，想帮小智，却不小心阻碍了皮卡丘出招，土龙弟弟趁机溜走了。这下矛盾彻底激化，小智和艾莉丝你一言我一语地吵了起来，两人都在气头上，谁也不肯让步。
冷静下来后，小智心里觉得愧疚，他知道自己不该这么冲动，为了修复和艾莉丝的关系，他决定去摘些果实给她吃。可他对这里的果实不太了解，误摘了难吃的果实。艾莉丝吃了之后，非但没有消气，反而更加愤怒了，直接放话说要跟小智绝交。这可把小智给急坏了，他没想到事情会变成这样。
就在气氛紧张的时候，星海博士出现了。她一直关注着小智一行人的冒险，这次看到他们闹矛盾，决定出来调解。星海有着丰富的宝可梦知识和人生阅历，她先安抚了艾莉丝的情绪，告诉她小智不是故意的，又跟小智说要理解艾莉丝对花饰的珍视。在星海的调解下，两人的情绪逐渐平复，但心里的疙瘩还在。
星海博士提议大家先去她在岛上的临时研究基地休息一下，调整好了状态再继续旅程。小智一行人来到基地，看到了星海博士的各种研究设备和她收服的宝可梦，像红色暴鲤龙、裂空座、喷火龙这些强大的宝可梦，让大家大开眼界。
在基地里，星海博士给大家准备了丰盛的食物。吃饭的时候，她给大家讲了一些关于杰可罗拉群岛宝可梦的趣事，想缓解一下小智和艾莉丝之间的尴尬气氛。可两人还是不太说话，只是默默地听着。
这时，基地外突然传来一阵骚动。星海博士出去查看，发现是一群宝可梦在争斗。原来是一只大舌贝和一只大钳蟹为了争夺一片水源地打了起来，周围还有一群小拉达、波波在围观。星海博士立刻让自己的沙奈朵使用精神强念，将两只争斗的宝可梦分开。
小智看到这一幕，忍不住走过去帮忙。他派出皮卡丘，用十万伏特制造出一道电场，威慑住了其他宝可梦，让它们冷静下来。艾莉丝看到小智的举动，也想起了他们一起冒险时的点点滴滴，心里的气消了不少。
星海博士见状，笑着说：“你们看，宝可梦们有时候也会闹矛盾，但只要有人出面调解，它们还是能和平相处的。你们俩也是一样，一起经历了这么多，这点小矛盾算不了什么。”在星海博士的开导下，小智和艾莉丝终于解开了心结，重归于好。
之后，他们一起帮助星海博士完成了一些宝可梦的研究工作，比如记录宝可梦的习性、收集宝可梦的数据。在这个过程中，大家对宝可梦的了解又更进了一步，也更加珍惜彼此之间的友谊。
休息好了之后，星海博士告诉小智一行人，在大岛的深处有一个神秘洞穴，里面据说藏着强大的宝可梦，同时也是对训练家的一种试炼。小智一听就来了兴致，艾莉丝和天桐也跃跃欲试，于是他们决定一起前往神秘洞穴探险。
来到洞穴入口，一股神秘的气息扑面而来。洞穴里阴暗潮湿，墙壁上闪烁着奇异的光芒。他们小心翼翼地往里面走，突然，一只大岩蛇从洞顶钻了出来，拦住了他们的去路。大岩蛇体型巨大，身上的岩石坚硬无比，它张开血盆大口，发出低沉的吼声。
小智立刻派出皮卡丘，皮卡丘站在小智身前，浑身电光闪烁，准备迎战。艾莉丝也派出牙牙，牙牙兴奋地叫着，对战斗充满期待。天桐则派出花椰猴，花椰猴灵活地跳来跳去，做好了战斗准备。
皮卡丘率先发动攻击，它使用十万伏特，强大的电流朝着大岩蛇射去。大岩蛇不慌不忙，它将身体蜷缩起来，用坚硬的岩石抵挡皮卡丘的攻击。电流打在岩石上，溅起一阵火花，但对大岩蛇并没有造成太大伤害。
牙牙见状，冲上前去，使用龙之怒。一团龙形的火焰朝着大岩蛇飞去，大岩蛇躲避不及，被龙之怒击中，身体晃了晃。花椰猴也趁机使用种子机关枪，密密麻麻的种子射向大岩蛇。
大岩蛇被这一轮攻击打得有些狼狈，它愤怒地甩动身体，朝着皮卡丘喷出一道岩石光线。皮卡丘灵活地跳开，岩石光线击中了旁边的墙壁，碎石飞溅。
在激烈的战斗中，小智发现大岩蛇的眼睛是它的弱点。他立刻指挥皮卡丘：“皮卡丘，瞄准它的眼睛，使用电光一闪！”皮卡丘会意，身体化作一道黄色的闪电，快速冲向大岩蛇，在接近大岩蛇的瞬间，它释放出强大的电流，直击大岩蛇的眼睛。
大岩蛇痛苦地吼叫起来，它的身体开始摇晃，失去了战斗能力，缓缓地倒在地上。战胜了大岩蛇后，他们继续往洞穴深处走去，不知道还有什么挑战在等着他们。
就在小智一行人在神秘洞穴里冒险的时候，火箭队三人组也得知了神秘洞穴的消息。他们觉得洞穴里肯定藏着珍贵的宝可梦，要是能抓住几只，献给坂木老大，肯定能得到重用。于是，他们制定了一个抢夺宝可梦的计划。
火箭队三人组偷偷潜入神秘洞穴，他们利用自己发明的一些道具，悄悄地布置陷阱。他们在洞穴的通道里放置了捕捉网，还设置了一些能发出强大电流的机关，打算等小智他们带着宝可梦出来的时候，一网打尽。
小智一行人在洞穴里继续前进，他们又遇到了几只宝可梦的挑战，比如顽皮弹、大针蜂。经过一番激烈的战斗，他们成功地战胜了这些宝可梦。可他们不知道，危险正在一步步逼近。
当他们带着收服的宝可梦准备离开洞穴的时候，突然触发了火箭队的陷阱。捕捉网从天而降，将他们罩住。同时，周围的机关也启动了，强大的电流朝着他们袭来。
小智和伙伴们被困在网里，一时无法脱身。皮卡丘拼命地释放十万伏特，想要冲破捕捉网，但火箭队的捕捉网是特制的，皮卡丘的攻击根本不起作用。
就在他们陷入困境的时候，星海博士察觉到了异常。她通过自己的宝可梦探测器，发现了小智一行人的位置和火箭队的阴谋。于是，她立刻派出自己的耿鬼和路卡利欧前往救援。
耿鬼使用瞬间移动，带着路卡利欧来到神秘洞穴。耿鬼先是使用催眠术，让火箭队三人组陷入昏睡状态，然后路卡利欧用波导弹摧毁了陷阱和捕捉网，救出了小智一行人。
小智感激地对星海博士说：“谢谢你，星海博士，要不是你及时赶来，我们这次可就麻烦了。”星海博士笑着说：“不用客气，大家都是朋友，互相帮助是应该的。不过火箭队肯定不会善罢甘休，我们要小心他们接下来的行动。”
摆脱了火箭队的纠缠后，小智一行人来到了大岛的一个宝可梦对战场地。这里正在举行一场宝可梦对战比赛，来自各地的训练家们带着自己的宝可梦在这里一决高下。
小智看到这场比赛，心里痒痒的，他决定报名参加。艾莉丝和天桐也支持他，他们在一旁为小智加油助威。
在比赛中，小智遇到了各种各样的对手，有使用草系宝可梦的训练家，有擅长水系宝可梦的训练家，还有精通电系宝可梦的训练家。每一场比赛都非常激烈，小智和他的宝可梦们全力以赴。
在一场对战中，小智的对手是一个使用妙蛙花的训练家。妙蛙花体型巨大，身上长满了尖刺，还能喷出强力的毒液。比赛一开始，妙蛙花就使用飞叶快刀，无数锋利的叶片朝着皮卡丘飞去。皮卡丘灵活地躲避着飞叶快刀，同时寻找反击的机会。
小智抓住时机，指挥皮卡丘：“皮卡丘，使用十万伏特！”皮卡丘浑身电光闪烁，一道强大的电流朝着妙蛙花射去。妙蛙花不慌不忙，它使用光合作用，吸收周围的阳光，恢复自己的体力，同时用藤鞭抵挡皮卡丘的攻击。
双方你来我往，互不相让。这时，小智灵机一动，他让皮卡丘跳到空中，然后使用伏特攻击，皮卡丘的身体被电流包裹，像一颗炮弹一样朝着妙蛙花冲去。妙蛙花来不及躲避，被伏特攻击击中，失去了战斗能力。
小智赢得了这场比赛，他和皮卡丘兴奋地拥抱在一起。在接下来的比赛中，小智凭借着自己的智慧和宝可梦们的实力，一路过关斩将，闯入了决赛。
在决赛前，小智一行人来到洞窟岛，打算放松一下，同时也想看看这里的宝可梦。在这里，他们偶然重遇了小椿。小椿是城都地区烟墨市的道馆馆主，擅长使用龙系宝可梦，实力非常强大。
小椿告诉他们，她来到杰可罗拉群岛是为了收服一只“颜色不同的赤面龙”。不过在相遇之前，小椿表示自己和自己的快龙走丢了。小智一听，立刻派出喷火龙、艾莉丝派出快龙去寻找。艾莉丝的快龙很快就找到了小椿的快龙，可没想到，因为艾莉丝的快龙不小心踩到了花田里的花，小椿的快龙生气了，两只快龙吵了起来。
龙系宝可梦都比较有个性，一点小事就容易起冲突。大家赶紧上前安抚两只快龙的情绪，好不容易才让它们平静下来。之后，小椿与小智一行人来到了小岛的森林，小椿提到赤面龙就出没在附近的洞窟附近。
这时，火箭队三人组也听闻了颜色不同的赤面龙的消息。他们想抓住赤面龙，献给坂木老大，于是制造出能发出音波的工具来逼迫洞窟里的宝可梦出来。这个做法还真把赤面龙给引了出来，赤面龙被激怒之后开始胡乱攻击。
火箭队三人组立刻与赤面龙对战，他们派出了自己的宝可梦，武藏派出了大舌头，小次郎派出了双弹瓦斯，喵喵也冲了上去。可赤面龙实力太强了，它使用逆鳞，疯狂地攻击着火箭队的宝可梦。大舌头被赤面龙的龙尾击中，倒飞出去；双弹瓦斯喷出的毒雾对赤面龙根本不起作用，反而被赤面龙的火焰给吹散了；喵喵也被吓得躲了起来。火箭队三人组不敌赤面龙，被打得飞了出去。
此时的赤面龙已经被火箭队三人组触发了逆鳞，处于失控状态，不分敌我。小椿看到这一幕，决定尝试收服赤面龙。她像小智一样，用真诚的话语劝说赤面龙，让其消气。
这让艾莉丝回想起了自己曾经为什么会喜欢上龙系宝可梦，也是因为一只赤面龙。艾莉丝小时候为了躲雨来到一个山洞，在山洞里碰到了一只受伤的赤面龙，于是给这只赤面龙疗伤。之后艾莉丝遭遇到危险的时候，这只赤面龙出来报恩，艾莉丝因此一发不可收拾地喜欢上了龙系宝可梦。
小椿这边，她不断地和赤面龙沟通，用自己的真心去感化它。在小椿的努力下，赤面龙的情绪逐渐稳定下来。最后，小椿抛出精灵球，成功将赤面龙收服。
收服了赤面龙后，小椿和小智等人告别，继续自己的旅程。而小智也调整好状态，准备迎接宝可梦对战比赛的决赛。