小智、莎莉娜、希特隆、柚丽嘉与星海在密阿雷市的宝可梦中心休整时，阳光透过玻璃穹顶洒在庭院的樱花树上，粉色花瓣随风落在星海摊开的卡洛斯地区生态图谱上。她指尖划过标注着“精练之塔”的位置，抬头看向正和皮卡丘玩抛球游戏的小智，笑着将图谱递过去：“小智，下一站我们可以往东北方向走，那里的精练之塔记载着卡洛斯地区古老的宝可梦训练传统，或许能帮你提升对战技巧。”
小智立刻停下动作，凑过来盯着图谱上的塔形标记，眼睛亮得像星星：“古老的训练传统？听起来超有趣！正好我的皮卡丘和甲贺忍蛙最近都在突破瓶颈，去那里肯定能学到新东西！”莎莉娜整理着背包里的缎带，轻声补充：“我查过资料，精练之塔附近还有一年一度的‘宝可梦表演祭’，说不定能遇到厉害的协调训练家。”希特隆则已经掏出工具包，开始改装他的宝可梦侦测仪：“我把仪器升级了，能检测出宝可梦隐藏的潜力值，到时候可以帮小智和星海的伙伴们做个全面检查！”
柚丽嘉抱着咚咚鼠，拽了拽星海的衣角：“星海姐姐，你的红色暴鲤龙什么时候再表演喷水呀？上次在密阿雷水道的样子超帅气！”星海温柔地摸了摸柚丽嘉的头，看向窗外正在和喷火龙进行低空盘旋训练的红色暴鲤龙，眼底满是笑意：“等我们到了精练之塔附近的湖泊，就让暴鲤龙给你表演‘水柱尾’好不好？不过现在要先确认塔内的古代能量是否稳定，我总觉得最近卡洛斯地区的磁场有些异常。”
就在这时，小智的宝可梦图鉴突然发出急促的提示音，屏幕上弹出一则来自卡洛斯联盟总部的紧急通知：“近期有不明势力在精练之塔附近活动，疑似试图窃取塔内的‘古代宝可梦石板’，请途经该区域的训练家提高警惕，如有异常情况立即上报。”小智立刻握紧拳头，眼神变得坚定：“不管是什么坏人，我都不会让他们破坏精练之塔的！星海，我们一起去保护石板吧！”星海点点头，将生态图谱收好，同时调出裂空座的状态监测数据：“裂空座最近的能量波动很平稳，如果遇到危险，它可以随时展开空中支援。不过这次我们的首要任务是调查异常情况，尽量避免正面冲突，毕竟我们还不清楚对方的实力。”
希特隆已经将改装好的侦测仪装进背包，柚丽嘉则把咚咚鼠放进特制的随身包，莎莉娜也检查好了自己的宝可梦球。五人一行动身前往精练之塔，红色暴鲤龙在水道中开路，喷火龙和小智的甲贺忍蛙在空中伴飞，耿鬼则隐身在星海的影子里，警惕地观察着周围的动静。一场围绕古代石板的冒险，就此拉开序幕。
当小智一行人抵达精练之塔脚下时，夕阳正将塔身镀上一层金红色。这座由白色岩石砌成的高塔直插云霄，塔身上雕刻着许多古代宝可梦的图案，从妙蛙花到水箭龟，每一幅都栩栩如生。塔前站着一位身穿绿色长袍的老人，他身边跟着一只体型庞大的班基拉斯，老人看到小智等人，立刻上前拱手行礼：“我是精练之塔的守护者——欧鲁德，你们就是收到通知赶来的训练家吧？”
小智连忙点头，指着塔门说道：“欧鲁德先生，我们听说有人想偷古代石板，需要我们帮忙吗？我的甲贺忍蛙和皮卡丘都很厉害的！”欧鲁德叹了口气，推开沉重的塔门，里面弥漫着淡淡的灰尘味，正中央的石台上摆放着一块泛着蓝光的石板，石板上刻着看不懂的古代文字。“这块就是古代宝可梦石板，它蕴含着卡洛斯地区最古老的能量，一旦被坏人拿走，可能会引发严重的生态灾难。”星海立刻掏出便携式能量检测仪，仪器屏幕上的数值不断跳动，最终停在一个异常高的区间：“欧鲁德先生，石板的能量正在缓慢流失，而且我检测到塔内有微弱的黑暗能量残留，应该是有人已经来过了。”
就在这时，耿鬼突然从星海的影子里窜出来，对着塔内的黑暗角落发出“桀桀”的叫声。星海立刻警惕起来，让沙奈朵展开“冥想”增强感知：“沙奈朵，用‘心灵感应’探查周围的情况！”沙奈朵闭上眼睛，蓝色的能量波纹从它身上扩散开来，片刻后，它睁开眼睛，对着星海摇了摇头：“沙奈~”
“（对方的隐藏能力很强，我只能感知到三个模糊的黑影，它们似乎在塔的上层）”
小智立刻掏出皮卡丘的宝可梦球：“皮卡丘，我们去上层看看！用‘十万伏特’照亮通道！”皮卡丘跳到小智肩膀上，尾巴迸发出金色的电流，照亮了通往上层的螺旋楼梯。众人沿着楼梯向上走，每一层都摆放着不同的古代宝可梦雕像，就在走到第五层时，三个身穿黑色斗篷的人突然从雕像后面跳出来，他们手里拿着特制的捕捉网，对着小智的甲贺忍蛙就扔了过去。
“甲贺忍蛙，快用‘水手里剑’切断网子！”小智反应极快，立刻下达指令。甲贺忍蛙双手凝聚出蓝色的水刃，精准地将捕捉网切成两半。其中一个黑衣人冷笑一声，掏出宝可梦球：“既然被发现了，那就别怪我们不客气！出来吧，大针蜂！”一只体型比普通大针蜂大两倍的宝可梦从球里跳出来，它的毒针闪着紫色的光芒，显然是经过特殊训练的。
星海立刻让路卡利欧展开“波导探测”：“路卡利欧，用‘波导’确认对方宝可梦的状态！”路卡利欧闭上眼睛，片刻后睁开：“路卡~（对方的大针蜂体内有异常的能量波动，似乎被注射了某种药物，攻击性很强）”欧鲁德脸色一变：“是‘黑暗火箭队’！他们之前就试图偷取石板，没想到这次又来了！班基拉斯，用‘岩石封锁’困住他们！”班基拉斯怒吼一声，从地面升起无数岩石，将三个黑衣人围在中间。
但黑衣人早有准备，其中一人掏出一枚黑色的徽章，徽章发出一阵黑色的光芒，班基拉斯的动作突然变得迟缓起来。“不好，是‘黑暗徽章’，能干扰宝可梦的意志！”星海立刻让沙奈朵用“治愈波动”：“沙奈朵，释放‘治愈波动’，净化班基拉斯体内的黑暗能量！”沙奈朵双手合十，粉色的能量波纹笼罩住班基拉斯，班基拉斯甩了甩头，重新恢复了活力，它再次发动“岩石封锁”，将黑衣人死死困住。
就在小智准备上前询问黑衣人的目的时，塔外突然传来一阵巨大的轰鸣声，红色暴鲤龙的叫声从远处传来。星海脸色一变，跑到窗边一看，只见一只巨大的机械宝可梦正在攻击红色暴鲤龙，喷火龙则在一旁不断用“喷射火焰”攻击机械宝可梦，但机械宝可梦的外壳异常坚硬，火焰根本无法穿透。“是‘机械超梦’！黑暗火箭队竟然造出了这种东西！”欧鲁德震惊地说道。
小智立刻掏出喷火龙的宝可梦球：“喷火龙，回来休息一下，皮卡丘，我们上！用‘终极伏特狂雷闪’！”皮卡丘跳到甲贺忍蛙的背上，甲贺忍蛙凝聚出水柱，将皮卡丘托到空中，皮卡丘的尾巴迸发出耀眼的电流，对着机械超梦就劈了过去。但机械超梦的外壳上弹出一道能量护盾，将电流挡了下来。星海立刻让裂空座出战：“裂空座，展开‘流星群’，攻击机械超梦的能量核心！”裂空座从云层中俯冲下来，金色的流星从它身边划过，精准地砸向机械超梦背部的红色核心。
“砰！”流星群击中核心，机械超梦发出一阵刺耳的警报声，外壳开始出现裂痕。三个黑衣人见状，立刻掏出烟雾弹，趁着混乱逃走了。欧鲁德松了口气，对着小智和星海拱手：“多谢你们帮忙，否则石板就危险了。不过黑暗火箭队肯定不会善罢甘休，接下来我们要更加小心。”星海点点头，收起能量检测仪：“我会把机械超梦的数据分析传给卡洛斯联盟总部，同时加强石板的能量防护。小智，明天我们可以在塔内进行训练，说不定能从古代图案中找到对抗黑暗能量的方法。”小智兴奋地跳起来：“太好了！我一定要让甲贺忍蛙变得更强！”
第二天一早，小智就带着甲贺忍蛙来到精练之塔的第三层，这里的墙壁上雕刻着许多关于“羁绊进化”的图案。星海则和欧鲁德一起研究石板上的古代文字，希特隆在一旁用侦测仪检测塔内的能量波动，莎莉娜和柚丽嘉则在塔前的庭院里训练宝可梦。
“星海，你看这段文字！”欧鲁德指着石板上的一行符号说道，“上面写着‘当训练家与宝可梦的心意相通，水之勇者将觉醒新的力量’，这会不会和小智的甲贺忍蛙有关？”星海凑过去一看，眼睛突然亮了起来：“没错！你看这幅图案，上面的甲贺忍蛙和训练家手牵手，周围环绕着蓝色的能量，这应该就是‘羁绊进化’的正确触发方式！小智之前的甲贺忍蛙虽然能进行羁绊进化，但似乎还没有完全掌握这种力量。”
就在这时，庭院里突然传来莎莉娜的叫声：“小智，快来看看！我的火狐狸进化成六尾了！”小智立刻跑下楼，只见莎莉娜的六尾正围着她转圈，白色的毛发在阳光下闪闪发光。“好可爱的六尾！莎莉娜，恭喜你！”小智开心地说道。莎莉娜笑着摸了摸六尾的头：“多亏了昨天的战斗，火狐狸在保护咚咚鼠的时候突破了进化瓶颈。对了，星海姐姐说你的甲贺忍蛙能进行特殊进化，我们要不要一起训练？”
小智立刻点头，带着甲贺忍蛙来到庭院的空地上。星海也跟着下楼，手里拿着一张绘制着古代图案的纸：“小智，你按照图案上的姿势，和甲贺忍蛙一起集中精神，尝试将你们的意志连接起来。”小智按照图案上的样子，伸出手握住甲贺忍蛙的爪子，闭上眼睛默念：“甲贺忍蛙，我们一起变得更强，保护大家！”
甲贺忍蛙也闭上眼睛，蓝色的能量从它身上慢慢扩散开来，小智的手臂上也出现了相同颜色的纹路。就在这时，天空突然暗了下来，远处传来一阵熟悉的轰鸣声——黑暗火箭队的机械超梦又回来了！而且这次还多了两只机械宝可梦，分别是机械固拉多和机械盖欧卡。
“不好，他们是来报复的！”欧鲁德立刻让班基拉斯做好战斗准备，“班基拉斯，用‘沙尘暴’挡住它们的视线！”班基拉斯怒吼一声，扬起漫天黄沙，机械宝可梦的行动暂时受阻。星海让红色暴鲤龙和喷火龙分别应对机械盖欧卡和机械固拉多：“暴鲤龙，用‘水柱尾’攻击机械盖欧卡的腿部关节！喷火龙，用‘火焰拳’打向机械固拉多的眼睛！”
红色暴鲤龙尾巴缠绕着蓝色的水柱，狠狠砸向机械盖欧卡的关节，机械盖欧卡踉跄了一下，喷出一道巨大的水柱反击。喷火龙则在空中避开机械固拉多的“岩浆拳”，用燃烧着火焰的拳头击中机械固拉多的眼睛，机械固拉多发出一阵刺耳的警报声。
但机械超梦很快就突破了沙尘暴的阻碍，它的眼睛发出红色的光芒，对着小智和甲贺忍蛙就发射了一道“破坏光线”。“小智，快躲开！”星海立刻让沙奈朵用“瞬间移动”将小智和甲贺忍蛙转移到安全地带。小智站稳后，看着被破坏光线击中的地面出现一个大坑，眼神变得更加坚定：“甲贺忍蛙，我们不能再退缩了！一起进行羁绊进化吧！”
小智再次伸出手，握住甲贺忍蛙的爪子，这一次，他的脑海里浮现出和甲贺忍蛙一起旅行的点点滴滴——从初次相遇时的陌生，到一起战胜困难的默契，再到彼此信任的羁绊。蓝色的能量从小智和甲贺忍蛙身上爆发出来，甲贺忍蛙的体型变得更加修长，身上的纹路变成了耀眼的金色，它的手里凝聚出一把巨大的水之剑——这是完全形态的羁绊进化！
“这就是……完全形态的羁绊进化！”星海兴奋地说道，“小智，甲贺忍蛙的能量提升了三倍，而且能自由操控水之剑！”小智嘴角上扬，下达指令：“甲贺忍蛙，用‘黄金水手里剑’！”甲贺忍蛙将水之剑扔向空中，水之剑分裂成无数金色的水刃，对着机械超梦就射了过去。
机械超梦立刻展开能量护盾，但这次的黄金水手里剑蕴含着小智和甲贺忍蛙的羁绊之力，轻易就穿透了护盾，击中了机械超梦的核心。“砰！”机械超梦的核心发生爆炸，整个机身瞬间瘫痪。机械固拉多和机械盖欧卡见势不妙，立刻转身逃走了。
战斗结束后，甲贺忍蛙恢复了正常形态，小智抱着它开心地转圈圈：“甲贺忍蛙，我们做到了！我们终于掌握了完全形态的羁绊进化！”星海走过来，笑着递过一瓶能量饮料：“小智，你和甲贺忍蛙的羁绊真的很强大，这就是古代图案中所说的‘水之勇者’的力量。不过黑暗火箭队这次损失惨重，下次肯定会派出更强的兵力，我们还要继续加强训练。”
欧鲁德看着小智和甲贺忍蛙，欣慰地说道：“看来卡洛斯地区的未来，就靠你们这些年轻的训练家了。明天我会教你们古代的对战技巧，希望能帮你们更好地应对接下来的挑战。”小智用力点头，眼神里充满了期待。
第三天清晨，一阵清脆的铃声从精练之塔外传来，只见一辆豪华的白色轿车停在塔前，车门打开，一位身穿紫色长裙、气质优雅的女性走了下来，她身边跟着一只美丽的沙奈朵。“是卡洛斯4天王之一的卡露乃小姐！”希特隆激动地说道，“我可是她的超级粉丝！”
卡露乃看到小智等人，笑着走上前：“我听说这里出现了黑暗火箭队的踪迹，特意赶来看看。这位就是能让甲贺忍蛙进行羁绊进化的小智吧？我早就想和你切磋一下了。”小智眼睛一亮，立刻掏出宝可梦球：“真的吗？卡露乃小姐，我很期待和你的对战！”
星海则和卡露乃的沙奈朵互相点头致意，两只沙奈朵之间似乎产生了某种共鸣，蓝色的能量波纹在它们身边轻轻荡漾。“卡露乃小姐，你的沙奈朵训练得很好，它的能量控制非常精准。”星海由衷地赞叹道。卡露乃笑着说：“星海博士过奖了，我也听说过你的名字，你对宝可梦生态的研究很深入。这次我不仅是来帮忙调查黑暗火箭队，还想和小智进行一场特训对战，帮他提升对战技巧。”
欧鲁德立刻在塔前的庭院里开辟出一个临时对战场地，场地分为水陆两部分，正好适合小智的甲贺忍蛙和卡露乃的沙奈朵对战。“对战规则是1v1，不能使用道具，直到其中一方的宝可梦失去战斗能力为止。”卡露乃掏出沙奈朵的宝可梦球，“沙奈朵，就决定是你了！”
“甲贺忍蛙，我们上！”小智也派出甲贺忍蛙，“这次我们不用羁绊进化，就用平时的技巧对战！”甲贺忍蛙跳到场地中央，摆出战斗姿势，沙奈朵则悬浮在空中，眼神专注地盯着甲贺忍蛙。
“比赛开始！”欧鲁德一声令下，卡露乃率先下达指令：“沙奈朵，用‘幻象术’！”沙奈朵双手合十，紫色的能量笼罩住甲贺忍蛙，试图将它举起来。“甲贺忍蛙，用‘高速移动’躲开！”小智立刻回应，甲贺忍蛙的身影变得模糊，瞬间避开了幻象术的攻击。
“不错嘛，小智。”卡露乃嘴角上扬，“沙奈朵，用‘影子分身’！”沙奈朵的身体分裂成十个分身，将甲贺忍蛙围在中间。小智没有慌乱，而是仔细观察着分身的动静：“甲贺忍蛙，注意分身的气息，找到真正的沙奈朵！”甲贺忍蛙闭上眼睛，用敏锐的听觉捕捉着周围的声音，片刻后，它猛地睁开眼睛，对着其中一个分身就发射了一道“水手里剑”。
“砰！”分身被击中后消失不见，其他分身也跟着消散——小智找对了！卡露乃有些惊讶，随即笑着说：“没想到你能这么快找到真正的沙奈朵，看来你的观察力很敏锐。沙奈朵，用‘治愈波动’恢复体力，然后用‘精神强念’！”沙奈朵释放出粉色的能量波纹恢复体力，接着双手向前一推，蓝色的能量波对着甲贺忍蛙就冲了过去。
“甲贺忍蛙，用‘水屏障’挡住！”小智喊道，甲贺忍蛙双手凝聚出蓝色的水盾，挡住了精神强念的攻击。