小智一行人在经历布拉塔诺博士的宝可梦进化研究协助任务后，正沿着11号道路向密阿雷市郊外的古代宝可梦遗迹前进。途中，柚丽嘉突然想起姐姐莎莉娜曾提过，密阿雷市近期有位研究「传说宝可梦与地区能量共鸣」的学者驻留，据说对方不仅能解读古代石碑上的神秘文字，还曾在丰缘地区见过野生裂空座——这个名字让小智瞬间停下脚步，他猛地抓着皮卡丘的耳朵兴奋大喊：“裂空座？就是那个能在天空中mega进化的传说宝可梦吗？”
这时，远处传来一阵清脆的脚步声，伴随着红色暴鲤龙跃出河面的水花声。穿着白色研究员外套、扎着高马尾的星海快步走来，她的沙奈朵正用念力托着一叠古籍，路卡利欧则警惕地观察着周围的能量波动。“小智，好久不见。”星海笑着挥手，红色暴鲤龙温顺地蹭了蹭她的肩膀，“布拉塔诺博士说你们在调查古代遗迹，正好我发现遗迹的能量场最近有些异常，或许我们可以一起探索。”
小智立刻掏出精灵球晃了晃：“太好啦！有星海帮忙，肯定能解开遗迹的秘密！”莎莉娜注意到星海外套上别着的丰缘地区研究员徽章，好奇地问起裂空座的经历，星海刚要开口，路卡利欧突然发出一声低鸣，它的波导探测到遗迹方向传来微弱的能量冲击——一场围绕古代宝可梦力量的危机，正悄然逼近。
星海带着小智一行人来到古代宝可梦遗迹入口，她从背包里取出便携式能量检测仪，屏幕上跳动的蓝色波纹让她眉头微蹙：“正常情况下，遗迹的能量波动应该是稳定的正弦曲线，现在却出现了不规则的尖峰，像是有外力在干扰。”沙奈朵上前触碰遗迹的石壁，指尖传来的温热让它突然展开翅膀，石壁上原本模糊的符号竟亮起了金色光芒。
“这些符号是什么意思？”小智凑到石壁前，伸手想触摸光芒，星海连忙拉住他：“小心，这些符号是古代人记录的能量引导公式，随意触碰可能触发防御机制。”她从古籍中翻出一张临摹图，对比后解释道：“左边的符号代表‘大地能量’，右边的代表‘天空能量’，中间的漩涡图案应该是两种能量的融合点——卡洛斯地区的古代人，或许早就掌握了调和自然能量的方法。”
就在众人专注研究符号时，天空突然降下黑色烟雾，火箭队的飞行器悬停在遗迹上空。“既然有古代能量，肯定藏着稀有的宝可梦！”武藏的声音伴随着机械臂的伸展传来，小次郎立刻放出双弹瓦斯，“双弹瓦斯，用烟雾弹笼罩遗迹！”
小智毫不犹豫地抛出皮卡丘的精灵球：“皮卡丘，十万伏特！”金色电流穿透烟雾，击中双弹瓦斯的翅膀，让它失去平衡。星海没有参与战斗，而是指挥路卡利欧用波导保护柚丽嘉和莎莉娜：“路卡利欧，波导屏障！”淡蓝色的屏障将两人笼罩，她则快速调整检测仪，试图找出火箭队干扰能量场的装置。
“原来如此，他们在遗迹顶部安装了能量吸收器。”星海指着检测仪上的红点，“如果继续吸收，遗迹的能量平衡会被打破，可能引发坍塌。”小智立刻让皮卡丘瞄准吸收器，可双弹瓦斯突然喷出污泥炸弹，挡住了十万伏特的路径。这时，星海的耿鬼突然从影子里钻出，它对着吸收器吐出暗影球，黑色能量球精准击中装置，伴随着一声爆炸，吸收器化作碎片。
火箭队见计划失败，只能驾着飞行器撤退，临走前还不忘喊出经典台词：“好讨厌的感觉啊！”
危机解除后，石壁上的符号再次亮起，这次中间的漩涡图案竟浮现出一只类似哲尔尼亚斯的轮廓。星海惊讶地记录下这一现象：“传说中哲尔尼亚斯是给予生命的宝可梦，难道它与这座遗迹有关？”她突然想起布拉塔诺博士提到的“卡洛斯地区能量核心”，推测遗迹可能是能量核心的关键节点。
当晚，星海在露营地整理资料时，小智凑过来问：“星海，你见过哲尔尼亚斯吗？它是不是像传说中那样厉害？”星海笑着递给小智一杯热牛奶：“我没见过，但古籍里说它的角能释放治愈能量。不过现在更重要的是找到能量异常的原因，否则不仅遗迹会有危险，周围的宝可梦也会受到影响。”
这时，路卡利欧突然站起来，它的波导感应到远处传来熟悉的能量波动——那是属于宝可梦四天王的气息。
第二天清晨，一位穿着紫色礼服、抱着超能妙喵的女性出现在露营地，她优雅地行了个礼：“我是宝可梦四天王嘉德丽雅，专程来找星海博士。”小智立刻兴奋地凑上前：“四天王！你是来和我对战的吗？”嘉德丽雅笑着摇头：“这次是为了遗迹的能量问题，我收到联盟的通知，说这里的能量波动可能影响卡洛斯地区的安全。”
星海将嘉德丽雅请进临时搭建的研究帐篷，调出能量检测数据：“从三天前开始，遗迹的能量流失速度加快了30%，我怀疑有人在暗中收集这些能量。”嘉德丽雅的超能妙喵突然用念力指向古籍上的漩涡图案，嘉德丽雅解释道：“超能妙喵能感知到能量的记忆，它说这个图案里藏着‘负面能量’的痕迹。”
小智听到“负面能量”，立刻想起之前遇到的闪焰队：“难道是闪焰队干的？他们之前就想利用宝可梦的力量！”星海点头：“有这个可能，闪焰队一直在研究如何控制自然能量，遗迹的能量对他们来说是绝佳的素材。”
“既然提到了战斗，不如我们来一场切磋吧？”嘉德丽雅突然看向小智，“我想看看你这位立志成为宝可梦大师的训练家，实力到底如何。”小智立刻答应，两人来到附近的开阔地，莎莉娜和柚丽嘉担任裁判。
“我先攻！超能妙喵，用精神强念！”嘉德丽雅挥手，超能妙喵的眼睛亮起蓝光，地面的石块突然悬浮起来，朝着小智的皮卡丘砸去。“皮卡丘，用电光一闪避开！”小智喊道，皮卡丘化作黄色闪电，灵活地躲过石块，随后跳起使用铁尾。
“超能妙喵，用屏障挡住！”透明的屏障挡住铁尾，可皮卡丘突然转身，用十万伏特击中屏障的薄弱点，让超能妙喵后退了几步。嘉德丽雅眼中闪过一丝赞赏：“不错嘛，能找到屏障的破绽。超能妙喵，用预知未来！”
星海在一旁观察，轻声对莎莉娜说：“嘉德丽雅的战术很严谨，她先用水晶灯火灵的火焰牵制，再让超能妙喵用预知未来设下陷阱，小智如果不破解这个组合，会很被动。”果然，嘉德丽雅随后放出水晶灯火灵，蓝色火焰将皮卡丘包围，预知未来的能量也在皮卡丘周围凝聚。
“皮卡丘，用伏特替换！”小智突然喊道，皮卡丘化作电流回到精灵球，紧接着被再次派出，不仅避开了预知未来，还用电光一闪来到水晶灯火灵身后，用打雷击中它。水晶灯火灵失去战斗能力，嘉德丽雅收回它，笑着说：“你的反应很快，这场切磋我输了。”
切磋结束后，嘉德丽雅递给星海一份文件：“这是联盟收集的闪焰队资料，他们最近在卡洛斯地区的多个古代遗迹活动，目标应该是集齐所有遗迹的能量，唤醒某种强大的宝可梦。”星海翻看资料，发现其中一张照片上的装置，和之前火箭队使用的吸收器有相似之处：“他们可能在和火箭队合作，利用火箭队的技术收集能量。”
小智握紧拳头：“我们一定要阻止他们！”星海点头：“接下来我们要去下一个遗迹——香薰市附近的流星瀑布遗迹，那里可能藏着能量核心的线索。嘉德丽雅，你愿意和我们一起去吗？”嘉德丽雅微笑着点头：“能和你们一起保护卡洛斯地区，是我的荣幸。”
小智一行人来到流星瀑布遗迹，这里的瀑布呈现出罕见的紫色，水流中蕴含着浓郁的能量。星海的检测仪屏幕亮起刺眼的红光：“这里的能量浓度是之前遗迹的两倍，而且带有流星的属性——古代人可能把流星的能量封印在了这里。”
突然，瀑布中跳出一只巨大的暴鲤龙，它的鳞片呈深蓝色，比普通暴鲤龙更具威慑力。“那是异色暴鲤龙！”莎莉娜惊讶地说，异色暴鲤龙对着众人发出咆哮，似乎在警告他们离开。
星海让红色暴鲤龙上前，两只暴鲤龙对视片刻，红色暴鲤龙发出温和的叫声，异色暴鲤龙的情绪逐渐平静。“它是遗迹的守护者，”星海解释道，“古代人可能让它守护这里的能量，防止外人破坏。”
就在异色暴鲤龙放松警惕时，几辆黑色越野车驶来，闪焰队的成员从车上跳下，为首的弗拉达利举起手中的装置：“终于找到流星能量了，有了它，我们就能实现伟大的计划！”
“弗拉达利！”小智愤怒地喊道，“你又想搞什么鬼？”弗拉达利冷笑一声，放出 mega 进化后的巨钳螳螂：“巨钳螳螂，用剪刀十字拳破坏瀑布的封印！”巨钳螳螂的钳子闪烁着白光，朝着瀑布冲去。
“皮卡丘，十万伏特！”小智喊道，可巨钳螳螂的速度太快，轻松避开了攻击。星海指挥沙奈朵：“沙奈朵，用幻象术挡住巨钳螳螂！”沙奈朵的念力将巨钳螳螂困住，可弗拉达利又放出黑鲁加，黑色火焰朝着沙奈朵袭来。
“路卡利欧，用波导弹反击！”星海喊道，路卡利欧的波导弹击中黑鲁加，让它后退几步。这时，嘉德丽雅的超能妙喵用精神强念控制住弗拉达利的装置：“不能让他启动吸收器！”
小智注意到异色暴鲤龙一直在观察战局，他突然有了主意：“异色暴鲤龙，你愿意和我们一起阻止闪焰队吗？”异色暴鲤龙似乎听懂了，它对着小智点了点头，随后跃入瀑布，喷出高压水炮，击中了巨钳螳螂。
“好机会！皮卡丘，用打雷！”小智喊道，皮卡丘的打雷与异色暴鲤龙的高压水炮结合，形成强大的电流水柱，击中了弗拉达利的装置。装置发生爆炸，弗拉达利见状，只能带着手下撤退：“你们给我等着，下次我一定会成功！”
战斗结束后，异色暴鲤龙对着星海点了点头，随后潜入瀑布深处。星海看着检测仪上恢复稳定的能量波动，松了口气：“它认可我们了，以后这里的能量应该会保持稳定。”
当晚，星海的检测仪突然发出刺耳的警报，屏幕上的能量曲线变成了杂乱的红线。“怎么回事？”小智连忙凑过来，星海的脸色凝重：“所有遗迹的能量都在朝着同一个方向汇聚，而且……”她突然看向天空，“裂空座的能量波动也出现了！”
话音刚落，天空中出现一道绿色的光芒，裂空座的身影在云层中显现，它的身体周围环绕着不稳定的能量，似乎处于痛苦之中。“裂空座怎么了？”柚丽嘉担心地问，星海调出丰缘地区的资料：“裂空座能吸收陨石的能量，而卡洛斯地区的古代遗迹能量与陨石能量相似，它可能被这些异常的能量吸引，却无法适应，导致能量失控。”
嘉德丽雅的超能妙喵发出一声担忧的叫声，嘉德丽雅解释道：“超能妙喵感知到裂空座的情绪，它很痛苦，而且如果能量继续失控，可能会引发大规模的风暴。”
星海沉思片刻，做出决定：“我要让裂空座平静下来，需要用到丰缘地区的陨石碎片。小智，我需要你帮我吸引裂空座的注意力，让我有机会靠近它。”小智立刻答应：“交给我吧！皮卡丘，我们上！”
小智放出皮卡丘、甲贺忍蛙和黏美龙，对裂空座喊道：“裂空座，看这里！”甲贺忍蛙用泡沫光线朝着裂空座的方向发射，黏美龙则喷出龙之波动，吸引裂空座的注意。裂空座果然朝着小智的方向飞来，它的翅膀扇起强风，让小智一行人难以站稳。
星海趁机放出红色暴鲤龙，骑着它飞向裂空座：“裂空座，冷静下来！”她从背包里取出陨石碎片，碎片发出柔和的光芒，裂空座的情绪逐渐稳定了一些。可就在这时，闪焰队的飞行器再次出现，弗拉达利举着新的吸收器：“星海博士，谢谢你帮我引出裂空座，现在它的能量归我了！”
“弗拉达利，你太过分了！”嘉德丽雅放出水晶灯火灵和超能妙喵，“水晶灯火灵，用喷射火焰！超能妙喵，用精神强念！”两道攻击朝着弗拉达利的飞行器袭来，可飞行器的防护罩挡住了攻击。
小智指挥甲贺忍蛙 mega 进化：“甲贺忍蛙，用水手里剑！”巨大的水手里剑击中防护罩，出现了裂痕。星海的耿鬼突然从飞行器的影子里钻出，用暗影球击中吸收器，让吸收器出现故障。
裂空座感受到弗拉达利的恶意，它发出一声怒吼，用破坏死光击中飞行器的防护罩，防护罩彻底破碎。弗拉达利见状，只能再次撤退：“我不会放弃的！”
星海趁机将陨石碎片贴近裂空座，碎片的光芒融入裂空座的身体，它的能量波动逐渐稳定，随后朝着天空飞去，消失在云层中。星海松了口气：“还好及时，裂空座应该没事了。”
第二天，星海根据古籍的线索，找到了卡洛斯地区的能量核心——位于密阿雷市地下的古代神殿。神殿中央有一个巨大的水晶，水晶散发着柔和的光芒，正是所有遗迹能量的源头。
“原来能量核心在这里，”星海感叹道，“古代人把它藏在地下，就是为了保护它不被破坏。”小智看着水晶，好奇地问：“那我们现在要做什么？”星海回答：“我们要在水晶周围设置保护屏障，防止闪焰队再来抢夺能量。”
就在众人设置屏障时，弗拉达利带着大量闪焰队成员出现，他的手中拿着一个巨大的能量炮：“这次我不会再失败了，能量核心和卡洛斯地区的未来，都将属于我！”
“弗拉达利，你醒醒吧！”小智喊道，“用能量破坏世界，根本不是什么伟大的计划！”弗拉达利不听劝阻，启动了能量炮，朝着水晶发射。
“大家一起上！”小智放出所有宝可梦，嘉德丽雅也放出自己的宝可梦，星海则指挥沙奈朵、路卡利欧和耿鬼组成防御阵型。皮卡丘的打雷、甲贺忍蛙的水手里剑、水晶灯火灵的喷射火焰、沙奈朵的幻象术、路卡利欧的波导弹、耿鬼的暗影球——所有攻击汇聚在一起，形成一道强大的屏障，挡住了能量炮的攻击。
弗拉达利见攻击被挡住，愤怒地加大了能量输出，可能量炮突然出现故障，开始反噬。弗拉达利的手下们纷纷后退，只有他还在坚持。这时，星海的红色暴鲤龙突然上前，用头轻轻蹭了蹭弗拉达利的手臂，弗拉达利愣住了，他想起自己小时候和宝可梦相处的快乐时光。
“弗拉达利，宝可梦不是工具，它们是我们的伙伴。”星海轻声说，“你真正想要的，不是破坏世界，而是让世界变得更好，对吗？”弗拉达利的眼眶湿润了，他关掉了能量炮，跪倒在地：“我……我错了。”
闪焰队的成员们见首领放弃，也纷纷放下武器。嘉德丽雅走上前，说：“联盟会对你的行为进行调查，但如果你愿意改过自新，我们可以给你机会。”弗拉达利点了点头，被联盟的人带走。
危机解除后，能量核心的水晶恢复了稳定，卡洛斯地区的能量波动也回到了正常水平。星海看着水晶，对小智说：“小智，谢谢你一直帮助我，没有你，我不可能保护好能量核心。”小智笑着挠了挠头：“我们是好朋友嘛，互相帮助是应该的！”
第二天，星海要离开卡洛斯地区，前往丰缘地区继续研究裂空座。小智一行人来到港口为她送行。