迪化的光复，如同在阿古柏匪帮的北疆统治心脏上插了一刀。北疆残敌闻风丧胆，纷纷溃散。刘锦棠挟大胜之威，坐镇迪化，一面分遣老湘营精锐，在余虎恩等将领带领下，如同梳篦般清剿乌鲁木齐周边残敌，恢复秩序，安抚流民；一面厉兵秣马，筹备粮秣军械，目光已投向天山南麓阿古柏的老巢。按照左宗棠“先北后南”的方略，北疆必须彻底肃清，不留后患。
然而，北疆的锁钥，并非只有迪化。在迪化西北方向，玛纳斯河畔的重镇玛纳斯，尤其是其依河而建、城防更为坚固的南城，仍被一股顽敌死死盘踞。这股敌人，正是从迪化败逃至此的马人得、白彦虎残部，与玛纳斯本地阿古柏守军合流，由悍将黑宝财（海古拉，阿古柏次子）督率，兵力约四千余人。他们深知玛纳斯若失，北疆将再无立足之地，因此抱定了死守的决心。
奉命西进扫荡昌吉、呼图壁和玛纳斯的金顺所部，进展起初颇为顺利。昌吉、呼图壁守备空虚，金顺大军一到，守敌稍作抵抗便望风而逃，两城轻易收复。但当金顺兵临玛纳斯城下时，形势陡变。
玛纳斯分为北城和南城，中间有玛纳斯河相隔。北城在金顺的猛攻下很快陷落。但南城守敌凭借玛纳斯河作为天然屏障，背靠天山余脉，将城池修得异常坚固：城墙高大厚实，外有深壕引河水灌入，壕外遍布鹿砦、地雷。城墙上炮位密布，守军多为亡命之徒，火力凶猛，抵抗极其顽强。
金顺麾下多为原伊犁将军旧部及招募的民勇，虽不乏勇悍之士，但攻坚能力和装备（尤其火炮）远逊于刘锦棠的老湘营。金顺组织了几次强攻，士兵们冒着枪林弹雨填壕、架梯，付出了惨重伤亡，却始终无法突破南城守军的密集火力网。城下尸骸枕藉，士气受挫。金顺心急如焚，飞马向迪化的刘锦棠告急求援。
迪化，刘锦棠帅府。金顺的告急文书摆在案头，字里行间透着焦灼与无奈。
“玛纳斯南城竟如此难啃？”刘锦棠眉头紧锁，手指敲击着地图上玛纳斯的位置。他深知此地的重要性，若不能拔除这颗钉子，不仅北疆无法真正安定，更会牵制大军南下的步伐，迟滞整个西征计划。金顺部久攻不克，伤亡必重，再拖下去，恐生变故。
“禀军门，”幕僚分析道，“金军门所部，攻坚利器不足，且连日作战，已成疲兵。玛南守敌困兽犹斗，凭坚城死守，确难速下。”
刘锦棠目光扫过帐下诸将，最终定格在一位面容沉稳、目光坚毅的中年将领身上——罗长祜。罗长祜乃湘军宿将，早年随曾国藩、左宗棠转战，经验丰富，以稳健善守、能打硬仗着称，是刘锦棠极为倚重的臂膀。
“芝岑（罗长祜字芝岑）！”刘锦棠声音果断。
“末将在！”罗长祜踏前一步。
“玛纳斯南城，已成北疆最后顽疾！金军门受阻，非战之罪，乃敌凭坚城死守之故。今命尔统领老湘营步队十一营精锐，携带所有攻坚利器——大号开花炮、臼炮、充足炸药，火速驰援金军门！务必协同金部，以雷霆之势，速克玛南！拔除此钉，肃清北疆！”
“末将领命！”罗长祜抱拳，声音沉稳有力，“必不负军门重托，与金军门协力，踏平玛南贼巢！”
军情如火！罗长祜没有丝毫耽搁，当日便点齐麾下十一营（约五千五百余人）老湘营精锐。这支生力军装备精良，士气高昂，尤其携带了从兰州制造局运来的数门威力巨大的重型开花炮（爆破弹）和专门用于攻城的臼炮（曲射炮），以及大量工兵和爆破器材。大军丢弃非必要辎重，只带足弹药干粮，星夜兼程，直扑玛纳斯！
当罗长祜的援军风尘仆仆抵达玛纳斯前线时，金顺如同见到了救星。两军会师，清军兵力、火力、士气均大增。
罗长祜与金顺、以及金顺麾下悍将徐学功、孔才等立刻会商。罗长祜仔细勘察了玛纳斯南城的地形和防御，发现守军防御重点在正对桥梁和道路的方向，而城西北角地势稍高，且有一段城墙因年久失修和河水冲刷，显得相对薄弱。
“强攻东南正门，正中贼酋下怀，徒增伤亡。”罗长祜指着地图上的西北角，“我意，明修栈道，暗度陈仓！”
他命金顺部继续在东南方向大张旗鼓，架设云梯，组织佯攻，吸引守军注意力和火力。
罗长祜亲率老湘营主力及所有重炮，秘密运动至城西北角外的高地后集结。 以重型开花炮和臼炮，集中火力猛轰西北角城墙！不求一时轰塌，旨在摧毁城头工事，压制守军，并持续破坏墙体结构。
同时，挑选精干工兵和敢死队，在炮火和夜幕掩护下，向西北角城墙根部挖掘地道！埋设大量炸药（“棺材炮”），准备实施致命爆破！
步队准备好云梯、挠钩，待爆破成功或城墙被轰开缺口，立即发起总攻！
计划既定，清军立刻行动起来。
接下来的数日，金顺部士兵呐喊着，一次次发起声势浩大的佯攻，吸引着城头如雨的子弹和炮弹。每一次冲锋都有人倒下，但他们忠实地执行着命令，死死咬住守军的主力。
罗长祜的老湘营炮兵阵地日夜轰鸣！重型开花炮弹带着恐怖的呼啸，狠狠砸在城墙上和城头，炸起冲天的火光和烟柱，砖石横飞，守军被炸得血肉模糊，抬不起头。臼炮则越过城墙，将开花弹抛射到城内，制造混乱。炮管打得通红，炮兵们光着膀子，汗流浃背地装填、发射。
工兵和敢死队员如同鼹鼠，在离城墙不远的隐蔽处奋力挖掘地道。泥土被悄悄运走，地道一寸寸向城墙基延伸。守军似乎察觉到了威胁，不时向可疑区域盲目射击，投掷火把，甚至组织小股部队出城袭扰。挖掘工作异常艰难危险，不断有人伤亡，但后继者立刻顶上。
地道终于挖到了预定的城墙正下方！巨大的棺材形木箱被塞满了威力强大的黑色火药，引信被小心地铺设出来。
总攻的时刻到了！
光绪二年（1876年）八月十七日黎明前，最黑暗的时刻。
“点火！”随着罗长祜一声令下，负责爆破的士兵猛地拉燃了引信！火星沿着导火索急速蹿入黑暗的地道深处。
所有人都屏住了呼吸，时间仿佛凝固。
“轰隆隆——！！！”
一声天崩地裂般的巨响！大地剧烈颤抖，仿佛发生了地震！玛纳斯南城西北角，在耀眼的火光和冲天的烟尘中，一大段城墙如同被巨人的拳头砸中，轰然向内坍塌！形成了一个巨大的、狰狞的缺口！破碎的砖石和守军的残肢断臂被抛向半空！
“杀啊！收复玛纳斯！”总攻的号角凄厉地划破长空！早已蓄势待发的罗长祜、金顺两部精锐，如同决堤的洪流，从东南佯攻方向和西北爆破缺口，同时发起了排山倒海般的总攻！
老湘营的士兵们如同下山的猛虎，率先从缺口处涌入！他们踩着还在滚落的碎石和温热的尸体，挺着刺刀，挥舞着大刀，与惊魂未定、仓促组织起来的守军展开了惨烈的巷战！金顺部也从东南方向奋力登城，内外夹击！
守将黑宝财（海古拉）见城破在即，大势已去，在少数亲兵护卫下，试图从南门突围逃窜，但被徐学功率领的骑兵截住。一番激战，黑宝财被阵斩！主将一死，守军彻底崩溃，或跪地投降，或四散奔逃。
血战持续到午后。当硝烟渐渐散去，清军的龙旗终于插上了玛纳斯南城残破的城楼。这座北疆最后的顽固堡垒，在付出了清军重大伤亡的代价后，终于被攻克。此役，毙伤俘敌数千，马人得、白彦虎再次侥幸逃脱，但已成惊弓之鸟，不足为患。
捷报飞传肃州和迪化。刘锦棠接到罗长祜和金顺的联名捷报，长长舒了一口气。玛纳斯的克复，标志着整个天山北路（北疆）彻底光复！左宗棠“先北后南”战略的第一步，圆满达成。北疆成为稳固的大后方和前进基地。
刘锦棠立刻下令：金顺部留驻玛纳斯一线，继续清剿零星残匪，稳固地方；罗长祜率老湘营凯旋迪化休整；同时，他加紧了南征的各项准备——筹集粮草、检修武器、收集南疆情报、训练士卒适应更炎热干燥的气候。