世界树中枢位于都市中央，高达万米的树干内部是错综复杂的生物机械网络。当众人抵达时，发现树干表面布满瘤状的金属囊肿，从中不断渗出锈蚀病毒。入口处的生物识别系统突然启动，射出的不是光束而是带着麻醉效果的花粉：“检测到外来机械生命，启动防御程序。”
夜影挥动光刃劈开花粉屏障，却发现刀刃接触到植物组织时自动生锈崩解。知夏急中生智，将宇宙之心贴近树干，宝石的光芒与世界树的生命磁场产生共鸣，入口处的植物自动让开一条通道：“它们把我们识别为‘共生守护者’了！”
树芯内部的“共生核心”正在被教团的生物机械装置改造，巨大的培养皿中浸泡着融合了深渊基因的机械巨树，它的根系缠绕着世界树的神经脉络，不断注入锈蚀病毒。教团首领身着由生物金属构成的铠甲，手中的注射器里是浓缩的病毒原液：“当机械与生物都被深渊同化，这个星域将成为完美的战争兵器！”
战斗中，星野发现培养皿的控制系统使用了赛博神域的防篡改协议，立刻调用逆熵齿轮的校准程序。知夏和夜影则负责保护世界树的神经节点，他们的星紫同心之力化作能修复共生关系的光链，重新连接被切断的生物机械网络。
教团首领见势不妙，将整瓶病毒原液注入自己体内。他的身体迅速膨胀，化作由机械齿轮与植物根系组成的巨型怪物，每一次挥动手臂都会引发大规模锈蚀。星禾的治愈魔法只能勉强抑制病毒扩散，烈阳的火焰攻击在接触怪物时被转化为加速锈蚀的能量。
“必须重启共生核心的初始协议！”知夏大喊着跃上怪物肩头，将宇宙之心插入培养皿的控制终端。夜影紧随其后，用紫罗兰之力强行稳定终端的生物电流。在他们的努力下，终端投射出初代共生协议的全息影像——机械与植物手牵手的温馨画面。
当影像与现实中的世界树核心产生共鸣，整个星域的生物机械网络开始共振。锈蚀病毒在共振中纷纷崩解，怪物的身体也出现裂痕。教团首领惊恐地想要逃跑，却被世界树的根系缠住，他的身体逐渐被净化，最终化作无害的生物肥料。
随着锈蚀病毒的消亡，世界树中枢恢复了生机。巨型树屋重新绽放出荧光花朵，机械飞鸟的羽毛重新变得锃亮。绿钢星域的居民们用生物金属与发光藤蔓为守护者们编织了花环，中央广场的全息屏上循环播放着他们的战斗画面。
在世界树顶端的观景台，夜影为知夏戴上由机械齿轮与藤蔓编织的戒指：“在这个机械与植物共生的世界，我终于明白——真正的守护不是消灭对立，而是让不同的力量和谐共存。”知夏点头，将宇宙之心贴近世界树的核心，宝石表面浮现出象征共生的双螺旋纹路。
此时，水晶球再次亮起，映出一片由音乐与暗影交织的中世纪大陆，那里的吟游诗人突然失去声音，城堡的阴影中潜伏着能吞噬旋律的暗影生物。雷泽的声音带着熟悉的笑意：“看来，你们的音乐细胞要接受考验了。”知夏与夜影相视而笑，十指紧扣。无论前方是怎样的旋律与暗影，他们都将以爱为谱，以勇气为弦，继续在多元宇宙中奏响守护的乐章。