跨维度生物入侵事件结束后，三域联盟的科学家对时空监测站周围的区域展开了全面探查，结果发现了一个令人不安的事实——维度母虫的死亡并未彻底消除威胁，其体内残留的“维度能量因子”已渗入周围的时空结构，导致宇宙边缘的“空间屏障”出现了数道细微裂痕。
“这些裂痕正在缓慢扩大，”小陈将探测报告投影在“流火号”的舰桥屏幕上，画面中，宇宙屏障的裂痕处不断渗出淡紫色的维度能量，“如果不及时修复，未来可能会有更多维度生物通过裂痕入侵，甚至引发宇宙空间的崩塌。”
星垣翻阅着先民古籍，眉头紧锁：“先民记载，修复宇宙屏障需要‘本源时空晶核’，这种晶核只存在于‘时空枢纽星域’——那里是宇宙时空的交汇点，也是维度能量最稳定的区域，但同时布满了能撕碎星舰的时空风暴。”
云航看着屏幕上的时空枢纽星域坐标，没有丝毫犹豫：“组建‘屏障修复舰队’，我亲自带队前往时空枢纽星域。无论那里有多危险，我们都必须拿到本源时空晶核，否则整个宇宙都会面临危机。”
三天后，由“流火号”、“起源号”以及三域最先进的十艘抗时空风暴战舰组成的修复舰队出发了。舰队驶入时空枢纽星域外围时，周围的星空开始扭曲，星舰的外壳发出刺耳的金属摩擦声，即使开启了最高级别的抗风暴护盾，舰体仍在剧烈震颤。
“队长！前方出现巨型时空风暴！风暴中心的能量强度是我们的抗风暴极限的三倍！”负责侦测的星链船员声音带着紧张，屏幕上的风暴如同一只灰色巨兽，正朝着舰队快速移动。
云航立刻下令：“舰队调整阵型，用三源融合能量构建巨型护盾，沿着风暴边缘的安全轨迹前进！机甲小队做好准备，一旦护盾受损，立刻进行外部修复！”
舰队在风暴边缘艰难航行，突然，一道时空乱流从侧面袭来，直接击穿了一艘水晶文明战舰的护盾，舰体瞬间被撕裂，船员只能紧急弹射逃生。“不能再沿着边缘走了！”里昂操控银纹旗舰冲到前方，“我的战舰能承受更高强度的风暴，我来开路，你们跟在后面！”
银纹旗舰的护盾全开，硬生生冲进风暴的薄弱区域，为舰队开辟出一条临时通道。可刚驶入通道，风暴中就涌出大量“时空碎片”——这些碎片由破碎的时空结构构成，蕴含着巨大的能量，一旦撞上星舰，就能瞬间将其分解。
“星陨”机甲弹射而出，云航操控机甲在舰队前方展开三源能量网，将时空碎片逐一拦截、净化。阿凯的“狂岩”机甲则带着维修小队，跟在舰队后方，及时修复受损的护盾。就这样，舰队在风暴中缓慢推进了三天，终于抵达了时空枢纽星域的核心。
核心区域悬浮着一颗通体透明的晶体，正是本源时空晶核。可晶核周围，竟盘踞着一群“时空守卫者”——这些生物由纯粹的时空能量构成，体型庞大，能操控周围的时空，将敌人困在时间循环中。
“它们是时空枢纽的原生守护者，不会允许外人触碰晶核！”星垣的声音传来，“必须用三源能量证明我们的目的是修复宇宙屏障，而不是破坏时空平衡！”
云航操控“星陨”机甲缓缓靠近，将三源融合能量调整为温和的波动模式，朝着时空守卫者传递修复宇宙屏障的意图。守卫者们的能量波动逐渐平缓，却并未完全退让，其中体型最大的守卫者突然释放出一道时空能量波，将“星陨”机甲困在了时间循环中——云航发现自己不断重复着靠近晶核的动作，却始终无法前进半步。
“是时间循环！用三源能量冲击循环的节点！”小陈的声音打破了循环的干扰，云航立刻将能量集中在高频刃上，朝着循环中最薄弱的一点狠狠劈下。金色、青色与银色的能量爆发，时间循环瞬间破碎，机甲重新获得控制权。
时空守卫者见云航通过了考验，终于缓缓退开，让出了通往晶核的道路。云航小心翼翼地靠近，用三源能量包裹住本源时空晶核，将其收入特制的能量容器中。
就在舰队准备返航时，宇宙屏障方向突然传来剧烈的能量波动——一道新的维度裂痕扩大，一只体型远超之前母虫的“维度君王”正从裂痕中钻出，其释放的维度能量瞬间扭曲了周围的时空。
“必须立刻修复屏障！”云航下令舰队全速返航，同时让科学家在舰上紧急研究晶核的使用方法。当舰队抵达屏障裂痕处时，维度君王已开始破坏周围的星域，数颗星球被其吞噬，化作虚无。
“将晶核能量注入三源符文阵！”云航将晶核放入符文阵的核心，三域舰队同时释放能量，激活符文阵。一道巨型的透明光罩从符文阵中展开，覆盖住所有裂痕，本源时空晶核的能量顺着裂痕渗入，屏障上的伤口开始快速愈合。
维度君王见屏障即将修复，疯狂地冲击光罩，却被光罩反弹的能量击中，躯体出现裂痕。“趁现在！用三源融合主炮攻击它的核心！”云航的指令刚落，舰队的主炮同时开火，一道金银青三色光柱直刺维度君王的核心。
维度君王发出一声凄厉的嘶吼，躯体在光柱中逐渐消散，最终彻底消失。随着最后一道裂痕的愈合，宇宙屏障恢复了稳定，淡紫色的维度能量也随之消失。
战斗结束后，云航看着恢复平静的星空，长长舒了一口气。星垣走到他身边，感慨道：“这一次，我们不仅守护了三大星域，更守护了整个宇宙的平衡。”
修复舰队带着剩余的本源时空晶核碎片返航，这些碎片将被用于加强宇宙屏障的监测系统，防止未来再次出现裂痕。“流火号”的舰笛声在星空中回荡，带着胜利的喜悦。