海事衙门的建立和新章程的颁布，如同捅了一个巨大的马蜂窝。短暂的惊愕和观望之后，太子党和汉王党等等旧利益集团积蓄的力量开始了凶猛的反扑。
首先发难的是都察院。以几位江南籍、且与沿海豪商关系密切的御史为首，连续上书，弹劾的奏章如同雪片般飞入通政司。他们的矛头并非直接指向海运本身（毕竟那是皇帝支持的），而是巧妙地攻击朱高晟的“用人行政”和“学术倾向”。
“弹劾晟王朱高晟摒弃圣贤之道，专用胥吏算匠，视科举正途如无物，败坏朝廷百年铨选之制，开徇私滥竽之恶例！” “弹劾海事衙门所行章程，看似公平，实则巧立名目，盘剥商贾，与民争利，若推行开来，必致东南凋敝，海商裹足，动摇国本！” “更有甚者，听闻晟王常与一些言辞怪诞、非议程朱之落魄文人往来，其所倡之言，背离孔孟，恐非国家之福！”
这些弹劾，扣准了“祖制”、“圣学”、“民生”等大帽子，言辞犀利，极富煽动性。很快，在几次朝会上，大批江南籍贯以及思想保守的官员纷纷附议，要求陛下严查海事衙门，重申以科举取士之正道，甚至有人暗示应约束晟王权力。
朱棣坐在龙椅上，面沉似水。他深知其中缘由，多次厉声呵斥，以“朕意已决，无需多言”、“尔等岂知海事之重”等语强行压下了议论。他甚至当廷罢免了一名跳得最欢、言语尖刻的御史，以儆效尤。
皇帝的强硬态度暂时压制了朝堂上的公开攻击，但暗地里的流言蜚语却更加猖獗。市面上开始流传各种版本的谣言：有的说晟王在海外岛上私蓄甲兵，意图不轨；有的说新章程其实是与番邦勾结，要出卖大明利益；甚至还有谣言说晟王习练邪术，性情大变……这些谣言恶毒而难以追查，极大地损害着朱高晟的声誉。
面对这铺天盖地的舆论攻势，朱高晟表现出了异常的冷静。他没有选择在朝堂上与对方进行无谓的口水战，也没有急于辩解。
他对杨士奇和卜士仁道：“彼等依仗者，无非是‘道统’大义和话语之权。与此辈纠缠于细枝末节，正中其下怀。我等当避实击虚，另起炉灶！而且我这位大哥的手段和这么多年的监国下来可不止只只有这一点点的人！所以我们大概率需要自己的人，自己的学生自己的官员”
他将海事衙门的日常运作完全托付给杨士奇，自己则将大部分精力投入到了“知行学堂”的筹建中。校址选在城外一处相对僻静、原属皇庄的园林，由小柱子亲自监督改造，确保隐秘和安全。
朱高晟白天处理公务，晚上则常常熬夜，结合自己前世的见识和这个时代的实际，亲自撰写讲义。他的讲义深入浅出，绝不空谈性理，而是用大量的实例来阐述“知行合一”的道理可惜是系统跟失踪了一样完全不理人不然通过系统兑换一些教科书就好了，别人的系统就跟带了个亲妈一样，我这个系统跟带了个亲爹一样。
他讲格物致知，不是让人去格竹子，而是讲如何通过反复实验改进帆船设计；他讲诚意正心，不是空谈道德，而是讲为官者如何真心实意为百姓解决漕运、治水等实际问题；他甚至将一些简单的数学、几何、地理知识融入其中，强调这些“实学”才是真正能富国强兵的“真知”。
“学堂不必求大，但求精。”朱高晟对卜士仁交代，“首批学员，不必非要功名在身，首要聪颖、踏实、对现状有所不满。可由先生暗中考察物色，或由杨先生推荐那些仕途受阻、却肯钻研实学的底层官员前来旁听。告诉他们，这里不教八股，只教真本事。”
卜士仁心领神会，这正是“润物细无声”的策略。从底层和边缘开始，培育新学的种子。这些种子现在或许微不足道，但假以时日，未必不能长成参天大树。
同时，拉拢朝臣的策略也进行了调整。对于那些位高权重、思想僵化的老臣，暂时放弃争取。而是将重点集中在两部分人身上：一是如于谦、顾炎那般不得志但有潜力的年轻官员，进行长期的感情和理念投资；二是那些职位不高、但处于关键实务岗位（如户部的仓场大使、工部的匠作监丞等）的官员，通过海事衙门的相关业务合作，给予其一定的实惠和尊重，逐步将其转化为“自己人”。
这是一场持久战。朱高晟深知，旧文官集团树大根深，绝非一朝一夕可以撼动。他必须要有足够的耐心和定力。
就在这外界风波恶、内部忙布局的紧张时刻，一天深夜，朱高晟刚刚批阅完学堂的规划图样，小柱子却悄无声息地进来，脸上带着一丝不同寻常的凝重。
“主子，”小柱子低声道，“府外来了一个人，浑身笼罩在斗篷里，不肯透露姓名，只说……只说有关于‘海岛’和‘白莲教’的惊天秘闻，要当面禀报王爷。”
朱高晟手中的笔一顿，猛地抬起头。
海岛？建文余念？这两个词联系在一起，让他瞬间嗅到了极度危险的气息。