自太清老子于首阳山立人教、玉清元始天尊于昆仑山立阐教、上清通天教主于金鳌岛立截教，三清证道成圣，各自道统初立，便已选定了契合自身大道的道场。然而，彼时三清虽已分居三地，但昆仑山作为三清祖庭，元始天尊的玉虚宫依旧坐落于此，通天教主亦时常往来，名义上仍共居祖地，门下弟子亦多在昆仑山范围内活动修行。
然而，随着三教广收门徒，弟子日多，教义理念、行事风格的差异日益凸显，门下弟子间的摩擦渐生，原本祥和的昆仑祖地，开始出现不谐之音。
玉虚宫前，广成子、赤精子等十二金仙，每日里演练玉清仙法，讲究法度森严，进退有据，言谈举止皆符合玄门正统礼仪，处处彰显天道威严与秩序。他们对根脚出身颇为看重，认为道统传承需慎之又慎。
而碧游宫外（通天教主虽有金鳌岛，昆仑山碧游宫仍是重要道场），则是另一番景象。多宝道人、金灵圣母、赵公明、三霄娘娘等截教弟子，性情各异，或豪迈不羁，或机变灵动，演练神通阵法时，往往声势浩大，少了许多拘束。更有不少异类得道者，气息混杂，行事风格更为直接随性。
起初，两教弟子尚能维持表面和气。但时日一久，分歧便显现出来。
一日，玉虚宫门下弟子慈航道人，于昆仑山一处灵泉旁静修，恰逢碧游宫弟子石矶娘娘在此吞吐地脉煞气修炼。石矶修炼时气息外放，煞气激荡，不慎干扰了慈航道人聚拢的清净灵气。
慈航道人素喜清净，见状心生不悦，上前理论，言语中不免带了对石矶修炼之法过于“霸道”、有扰清修的微词，并隐含对其出身跟脚的审视。
石矶娘娘性情刚烈，闻言大怒，反唇相讥，言道玉虚门人过于拘泥形式，失了道法自然真意，并暗指其有门户之见。双方各执一词，言辞渐趋激烈，若非顾及同在昆仑祖地，险些就要演化成斗法。
又一日，玉虚宫黄龙真人与几位同门论道，谈及收徒当重根器、明心性，不可滥收，以免泥沙俱下，有损玄门清誉。此话被路过的截教弟子羽翼仙听去，认为此言暗讽截教有教无类，回宫后告知同门，引得不少截教弟子愤愤不平，认为玉虚宫瞧不起他们这些“披毛戴角、湿生卵化”之辈。
此类摩擦，虽未酿成大祸，但积少成多，渐渐在两教弟子心中埋下了芥蒂。玉虚宫弟子觉得截教门人良莠不齐，行事鲁莽，有失体统；截教弟子则认为玉虚宫门人傲慢自大，看不起旁门左道。双方门下相遇，气氛往往变得有些微妙，昔日的同门之谊，蒙上了一层阴影。
这一日，太清老子自首阳山八景宫驾临昆仑山，元始天尊自玉虚宫出迎，通天教主亦自金鳌岛赶回。三清于昔日论道之所——昆仑之巅的“三清殿”内相聚。
殿内陈设古朴，道韵盎然。老子居中而坐，面色平静，元始天尊居左，面容肃穆，通天教主居右，眉宇间带着一丝不羁。
老子轻抿一口仙茶，缓缓开口，声音平和却直指核心：“近日昆仑山中，似有不谐之音。玉虚、碧游门下，摩擦渐生，二位师弟可知？”
元始天尊闻言，眉头微蹙，沉声道：“大兄明鉴。非是吾门下寻衅，实是碧游宫收徒过于庞杂，不乏心性不佳、野性未驯之辈，行事不知收敛，有扰昆仑清静，亦恐损我玄门声誉。” 他言语中，对通天教主的收徒标准颇有微词。
通天教主冷哼一声，反驳道：“二兄此言差矣！大道之下，众生平等。吾截教有教无类，正为众生截取一线生机！岂能因出身跟脚便拒之门外？门下弟子性情率真，正是道法自然之体现！倒是玉虚宫门槛过高，规矩繁多，未免失之狭隘，如何彰显道祖有教无类之慈悲？”
元始天尊面色一沉：“洪荒有序，万物有常！收徒传道，岂能不辨良莠？根器不正，心术不明，纵有神通，亦易入歧途，届时为祸苍生，谁来承担？吾立规矩，正是为了去芜存菁，维护天道纲常！”
通天教主霍然起身，周身剑气隐现：“规矩？纲常？不过是束缚生灵的枷锁！吾道正在于破开这些枷锁，为众生争命！若事事循规蹈矩，何来突破？何来超脱？”
眼见二人争执渐起，气氛陡然紧张。老子轻轻放下茶盏，发出一声清脆的叩击声，虽轻，却清晰地传入元始与通天耳中，令二人心神一震，争执稍歇。
老子目光扫过两位师弟，语气依旧平和，却带着不容置疑的力量：“道，可道，非常道。二位师弟之道，一者重秩序，一者重生机，本无高下之分，皆是大道显化。然，道不同，不相为谋。昔日吾等未立教时，同处昆仑，尚可论道互补。如今各自道统已立，门下弟子众多，理念已非论道之争，更涉行事之法。强聚一处，非但无益于道途精进，反易因门下琐事生出嫌隙，伤了吾三清亿万年情谊，此非智者所为。”
元始天尊与通天教主闻言，皆是一怔，陷入沉思。他们何尝不知兄长所言在理？如今三清皆已成圣，道统分明，各自的道场也已选定（首阳山、昆仑山玉虚宫、金鳌岛碧游宫），再强以昆仑祖庭的名义将阐、截两教弟子聚于一处，确实已不合时宜，只会加剧矛盾。
老子继续道：“吾三清既已明自身道途，立下教统，便当各自经营道场，专心传承。分开，并非疏远，而是为了更好的践行己道，避免无谓纷争，保全三清情谊。昆仑祖庭，可留作纪念，日后三清议事之地。自此，人教居首阳，阐教守昆仑（玉虚宫），截教镇金鳌，各安其道，同气连枝，共同光大玄门，方是长久之计。”
元始天尊沉吟良久，缓缓点头：“大兄所言极是。吾阐教之道，在于阐述天机，维护纲常。昆仑玉虚宫，正合此道场气象。自此，吾当率阐教门人，专心经营昆仑道场，以正玄门视听，不再强求与截教同处一山。” 他之意，是明确昆仑山玉虚宫为阐教独有之道场，截教弟子当以金鳌岛为主。
通天教主虽性情不羁，却也非不明事理。他深知若长此以往，与二兄矛盾日深，绝非幸事。分开，或许真是最好的选择。他深吸一口气，道：“大兄、二兄既如此说，通天亦无异议。吾截教万仙来朝，金鳌岛广阔，正合吾教海纳百川之气象！自此，吾便率截教门人，常驻金鳌岛碧游宫，昆仑碧游宫仅为别院。吾三清道统，分而不离，日后亦可时常论道，共参玄妙！”
见二位师弟达成共识，老子微微颔首：“善。既然如此，便如此定下。自此，人教、阐教、截教，各居其道场，专心发展。昆仑祖庭，留待三清共议大事之用。吾等兄弟情谊，不因地域而疏，反因道明而更坚。”
“谨遵大兄之命！”元始天尊与通天教主齐声应道。
议定之后，三清又就日后联系、守望相助之约细商片刻。随后，通天教主便返回金鳌岛，下令截教门人，日后以金鳌岛碧游宫为根本道场，昆仑山碧游宫逐渐转为象征性别院，减少常驻弟子。元始天尊则昭告阐教门人，昆仑山玉虚宫乃阐教根本，当潜心修行，维护祖地清静。
自此，三清正式分家。人教扎根首阳山八景宫，太清老子清静无为；阐教独占昆仑山玉虚宫，玉清元始天尊执掌天道秩序；截教立足于东海金鳌岛碧游宫，上清通天教主倡导有教无类。玄门三大道统，在各自选定的道场上，开始了独立而又相互关联的发展历程。
分家之后，阐、截两教弟子摩擦锐减，各自在更适合的道场环境中潜心修行，教义得以更纯粹地发展。昆仑山恢复了往日的部分宁静，而东海金鳌岛则日益热闹，万仙来朝之势更盛。三清分家，是玄门势力扩张、道统成熟的必然结果，也标志着洪荒格局进入了一个新的阶段，三大教派未来的互动与博弈，将更加直接和深刻。