光明重现，秩序初定，但战争遗留的毒瘤并未彻底清除。“净世”组织虽然失去了核心指挥和终极武器，但其遍布全球的残余势力、失控的自动化单位、以及被其思想蛊惑的顽固分子，依旧构成严重的威胁。如同身体虽驱除了主要病灶，但散落的病毒和坏死组织仍需清理。
地球文明紧急临时管理委员会（由“烛龙”指挥部、Nbo、EA等主要抵抗力量代表紧急组建，叶辰担任技术与人道主义救援总负责人）成立后的首要任务，便是全球范围内的清理与追剿。
这项工作，被称为“净化行动”。
行动并非盲目的军事清剿，而是在“火种”系统强大的情报支持和数据分析下，进行的有计划、有步骤的肃清。
情报先行： “火种”系统利用最高权限，彻底搜查了“盖亚”协议数据库和“神谕”残留的信息碎片，结合各地庇护所和抵抗组织上报的信息，逐渐拼凑出“净世”残余势力的分布图、武器装备、人员构成以及可能的据点位置。哪些是负隅顽抗的死硬分子，哪些是被胁迫或蛊惑的可争取对象，都被尽可能地区分开来。
精准打击：针对那些盘踞在重要设施、资源点或交通枢纽的顽固敌军，委员会授权使用恢复有限的空中力量和远程精确打击武器，由顾衍统一协调指挥。目标是尽可能减少己方伤亡和附带损害，快速拔除钉子。
例如，盘踞在旧大陆中部一处重要水利枢纽的“净世”残部，在拒绝投降后，遭到了来自轨道卫星的精准动能打击，主要防御工事被瞬间摧毁，地面部队随后轻松接管了设施。
又比如，一小股拥有重型装备的“净世”狂热分子，控制了某个庇护所出口，挟持了大量人质。“龙渊”的特战小组在“火种”系统提供的建筑结构图和敌人布防情报支持下，发起闪电突袭，以零人质伤亡的代价全歼敌军。
心理攻势与分化瓦解：委员会通过恢复的广播网络，持续不断地向“净世”残余人员发送信息。内容包括：公布“净世”高层的真实目的和残忍行径；宣传优待俘虏政策；鼓励底层成员弃暗投明；悬赏缉拿“创世者”名单上的核心人物。强大的心理攻势，使得许多原本就不坚定的外围分子动摇、投降，甚至倒戈。
地面清剿与秩序恢复：各地的抵抗组织、庇护所守卫力量以及重新整编的文明守护者卫队（由原各国部分忠诚军警和志愿者组成），在获得委员会提供的装备、情报和指令支持后，开始对各自区域内的残余威胁进行拉网式清剿。他们清理失控的机器人，剿灭小股土匪和掠夺者，解救被控制的平民，并逐步恢复基层行政管理。
技术排险：“净世”遗留的许多设施都布满了陷阱和自动化防御系统，甚至有些区域还存在未爆的“盖亚”协议能量场畸变点。叶辰带领的技术团队，通过“火种”系统远程或派遣专家小组现场作业，逐一破解、拆除或封存这些危险装置，为重建扫清障碍。
整个过程并非一帆风顺。残余势力中不乏狡诈凶悍之徒，他们利用复杂地形、城市废墟和人质负隅顽抗，给清剿行动带来了不少麻烦和伤亡。一些地区由于破坏过于严重，信息不通，清剿工作进展缓慢。
但大势已定。在委员会高效的组织和“火种”系统近乎全知的情报支持下，“净化行动”以惊人的速度推进着。一片片区域被肃清，秩序得以恢复，流离失所者被重新安置，生产和交换活动开始缓慢复苏。
文明的肌体，正在一点点切除坏死的部分，焕发出新的生机。