大明特混舰队主力，如同一条威严的巨龙，静静地盘踞在苏禄苏丹国提供的秘密锚地。船帆半落，桅杆上的龙旗在海风中微微拂动，虽未张牙舞爪，但那沉默的庞然身躯本身，就是无声的威慑。岸上，临时营垒已然立起，与苏禄人的村落比邻而居，双方士卒、水手在严格的军纪约束下进行着有限的交流，一种临战前的压抑气氛弥漫在空气之中。
施大瑄并未急于采取军事行动。陛下的旨意很明确，先礼后兵。在苏禄使者再次确认了马尼拉湾内西班牙守军的最新动态后，施大瑄派出了以格物院官员李文博为首的使团。
李文博年约四旬，面容清癯，是格物院中少有的既通晓西学（主要来自与葡萄牙传教士的交流和对缴获文献的研究），又熟读经史的官员。他性格沉稳，思维缜密，被朱由校亲自点名参与此次南下行动，正是看中了他这份能力。使团成员还包括一名精通西班牙语与拉丁文的澳门葡萄牙通译（因其对西班牙人无好感而被雇佣），以及十名精锐的水师陆战队士兵作为护卫。
他们乘坐一艘轻快的海沧船“飞云”号，悬挂着大明使节旗帜，在几名熟悉航道的苏禄向导引领下，小心翼翼地穿过西班牙人防御相对薄弱的次级水道，进入了宽阔的马尼拉湾。
湾内风平浪静，与湾外礁石密布的险恶景象截然不同。远远地，便能望见马尼拉城（Intramuros）那高大的石砌城墙和教堂的尖顶，以及湾口甲米地造船厂林立的桅杆和隐约可见的炮台。几艘西班牙盖伦战舰在湾内游弋，如同巡逻的猎犬。
“飞云”号径直驶向马尼拉城的码头。靠岸后，李文博一行立刻被全副武装的西班牙士兵“护送”至总督府。总督府内，菲律宾总督唐·迪埃哥·法哈多·德·科库拉端坐在主位之上，他面色红润，留着精心修剪的络腮胡，眼神中带着一丝居高临下的审视与隐藏得很好的不耐烦。两侧站立着身穿华丽军服的西班牙军官和神色倨傲的传教士。
通译上前，按照礼仪介绍了李文博的身份和来意。
李文博不卑不亢，依照大明礼节微微拱手，随即展开国书副本，朗声道：“大明皇帝陛下钦差，格物院司业李文博，奉旨质询尔西班牙菲律宾总督：尔国于吕宋，屡行暴虐，苛待我大明侨裔，纵容暴徒，劫掠杀戮，致使生灵涂炭，怨声载道。此等行径，背弃友邦之道，藐视天朝威严！我皇帝陛下仁德宽厚，不忍遽加兵戈，特遣本使前来，严正要求尔等：”
他的声音清晰而有力，通过通译转化为西班牙语，回荡在总督府大厅：
“其一，立即停止一切迫害、歧视我大明侨裔之行径，保障其生命、财产及信仰之自由！”
“其二，严惩此前参与暴乱、杀害我侨民之凶徒及幕后指使者！”
“其三，赔偿我侨裔一切损失，并归还被非法侵占之财产！”
“其四，保证未来贸易之公平，不得再行苛索！”
“限期十日，予以明确答复并切实执行。若逾期不从，或虚与委蛇……”李文博目光锐利地看向科库拉总督，“休怪我大明王师，行雷霆之举，届时玉石俱焚，悔之晚矣！”
科库拉总督听完通译的转述，脸上露出一丝混杂着轻蔑与恼怒的冷笑。他并未直接回应李文博的质问，而是用带着浓重口音的拉丁语说道（通译同时低声翻译给李文博）：“尊敬的明国使者，您所说的‘暴行’，乃是一些不幸的误会和当地土着与部分不安分商人之间的冲突，我方已在进行调查。至于贵国皇帝陛下的‘要求’……”
他拖长了语调，身体微微前倾：“菲律宾乃西班牙国王陛下合法之领土，此处之法律与秩序，由西班牙王国及教会负责维持，无需，也不容任何外来势力指手画脚。贵国舰队不请自来，停泊在我西班牙王国之海域附近，本身就已是一种不友善，甚至可被视为挑衅的行为。”
他顿了顿，试图缓和一下语气，但眼中的傲慢并未减少：“当然，我们愿意与贵国保持和平与贸易。关于您提到的侨民问题，我们可以承诺进行‘更公正’的调查。但前提是，贵国舰队必须首先撤离至安全距离以外，以体现贵方的和平诚意。我们可以安排进一步的会谈，详细商讨细节……”
科库拉总督的回应，充满了外交辞令下的推诿、倒打一耙和缓兵之计。他将明军的正当威慑污蔑为挑衅，将西班牙人的责任推卸给“误会”和“土着”，并试图以空头承诺诱使明军撤退。
李文博心中冷笑，对方果然如陛下和施将军所料，毫无诚意。他据理力争，驳斥科库拉的狡辩，强调大明护侨的决心不容置疑，舰队绝不会在问题解决前撤离。
谈判陷入了僵局。科库拉总督的脸色渐渐阴沉下来，他失去了耐心，最终强硬地表示：“在贵国舰队展示出真正的和平诚意之前，我们无法进行任何有实质意义的谈判。使者先生，您和您的随从可以在马尼拉暂住，等待贵国皇帝新的、更理性的指示。”
这话看似客气，实则隐含软禁之意。李文博敏锐地察觉到了危险的气息，他坚持要求即刻返回舰队复命。
科库拉总督眼中闪过一丝寒光，假意应允，安排他们返回码头。然而，就在李文博一行人离开总督府，走向码头的路上，他通过随行的、那位经验丰富的葡萄牙通译，注意到街道两侧的西班牙士兵数量悄然增加，并且隐隐形成了包围之势。通译更低声急报，他通过贿赂一个土着仆役得知，总督府似乎有意扣押明使，以此作为要挟大明舰队的筹码！