“飞云”号带着与西班牙人谈判破裂、使团险遭扣押的消息，以及一名阵亡水手和数名伤员的代价，返回了特混舰队主力锚地。消息传开，舰队上下群情激愤。西班牙人的背信弃义和傲慢无礼，彻底点燃了明军将士的怒火。
施大瑄面色阴沉如水。陛下的旨意是“若外交无效，则行威慑护侨之举”。如今，外交途径已被西班牙人亲手堵死，甚至对方率先动武，若再不采取行动，大明威严何在？护侨承诺岂非成了空谈？
“升帐议事！”施大瑄沉声下令。
旗舰“定海”号的指挥舱内，灯火通明。所有高级将领齐聚一堂，气氛肃杀。李文博详细汇报了在马尼拉的遭遇，尤其强调了西班牙人试图扣押使团、并首先开火的细节。
“将军！红毛夷欺人太甚！末将请命，率本部战舰为先锋，直捣马尼拉湾，轰他个天翻地覆！”一位性格火爆的参将率先请战。
“对！必须打！要让西班牙人付出血的代价！”
众将纷纷请战，求战之心高昂。
施大瑄抬手，压下众人的声音，目光冷静地扫过全场：“打，是一定要打！但如何打，需有章法。陛下旨意，乃是有限干预，威慑为主，护侨为要。我军目标是逼迫西班牙人屈服，保障侨民安全，而非与其进行攻城略地的消耗战。”
他走到海图前，指着马尼拉湾口：“马尼拉湾入口狭窄，西班牙人在此经营多年，圣地亚哥堡与甲米地炮台火力交叉，防御坚固。我军若强行闯入，必遭重大损失，即便成功，舰队也易被堵在湾内，陷入被动。”
“将军的意思是……？”副将问道。
“我们不进去。”施大瑄的手指重重地点在湾口之外，“我们就在这门口打！主动进攻其湾口防御体系及在外巡逻的敌舰！敲掉他的爪牙，打疼他，让他知道封锁的滋味，让他明白我大明舰队有能力随时切断其与外界的联系！”
这个方案，既能展现武力，又能控制风险，符合“有限干预”的战略目标。众将略一思索，便明白了其中奥妙，纷纷表示赞同。
作战计划迅速制定。次日拂晓，海面上弥漫着淡淡的晨雾。大明特混舰队主力倾巢而出，以“定海”、“镇海”两艘大战舰为核心，排成攻击阵型，浩浩荡荡地逼向马尼拉湾口。
湾内的西班牙人显然也早有准备。望见明军舰队逼近，圣地亚哥堡和甲米地炮台上烽烟升起，警钟长鸣。停泊在甲米地港内的三艘西班牙盖伦战舰以及数艘小型护卫舰，也迅速升帆起锚，冲出港湾，在炮台的火力掩护下，试图在湾口外与明军决战。
双方舰队在晨雾与硝烟（炮台已经开始零星炮击）中逐渐接近。
“命令前锋艨艟队，火箭巢准备，覆盖射击敌炮台前沿工事，压制其火力！各主力舰，目标敌盖伦战舰，进入射程后自由射击！”施大瑄站在“定海”号船头，冷静地下达命令。
战斗瞬间爆发！
数十艘明军艨艟快船如同蜂群般冲出阵列，冒着西班牙炮台和战舰的炮火，悍不畏死地冲向湾口。进入射程后，船首的火箭巢喷吐出密集的火舌，无数拖着尾焰的火箭如同飞蝗般扑向圣地亚哥堡和甲米地的岸防工事。虽然火箭精度不高，但覆盖范围广，爆炸和燃烧在炮台区域此起彼伏，有效地干扰和压制了西班牙炮手的射击。
与此同时，明军主力舰队与西班牙盖伦舰队展开了激烈的炮战。
轰！轰！轰！
砰！砰！砰！
海面上炮声震耳欲聋，硝烟滚滚。明军的“天启型”舰炮射程远，精度高，率先发难，沉重的铁弹呼啸着砸向西班牙战舰。一艘冲得最前的西班牙盖伦船“圣安娜”号，接连被数发炮弹命中船身和帆缆，速度骤降，船体开始倾斜。
然而，西班牙盖伦船也确实名不虚传。其船体高大坚固，抗沉性强，侧舷火炮数量多，且西班牙水兵战斗经验丰富。在顶住了明军最初几轮猛攻后，他们也开始还以颜色。密集的炮弹落在明军舰队周围，激起无数水柱。一艘明军海沧船被一枚重型链弹扫过桅杆，主桅断裂，瞬间失去了大部分动力，成了活靶子，很快又被几发实心弹击中水线，开始缓缓下沉。
“定海”号与西班牙旗舰“圣马丁”号成为了战场焦点。两艘巨舰互相喷吐着火舌，炮弹在空中交错飞行。“定海”号凭借速度和火力优势，试图绕到“圣马丁”号侧舷弱点位置，而“圣马丁”号则拼命转向，试图用自己强大的侧舷火力迎击。
战斗从清晨持续到午后，双方均损失不小。明军击伤了两艘西班牙盖伦船，并严重压制了岸防炮台，但己方也损失了一艘海沧船，数艘战舰受损，包括“定海”号也挨了几发炮弹，所幸伤势不重。西班牙人虽然被动，但核心的湾口防御体系并未被突破，舰队主力也尚存。
眼见天色将晚，且舰队弹药消耗巨大，继续强攻也难以取得决定性战果，反而可能因夜航不熟航道而陷入危险，施大瑄果断下令：“传令！各舰脱离接触，交替掩护，撤回锚地！”
鸣金收兵的声音响起，明军舰队开始有序后撤。西班牙人见明军撤退，也未敢深追，他们的损失同样惨重，需要时间舔舐伤口。
初战马尼拉湾，明军虽展现了强大的攻击力，给西班牙人造成了不小的打击，但并未能一举攻克湾口，迫使对方屈服。战事，不可避免地陷入了施大瑄最不愿看到的消耗战。而远征舰队携带的补给和弹药有限，时间，似乎并不站在劳师远征的大明一边。