马尼拉湾，圣费利佩城堡的投降仪式，并未如预想中那般彻底终结西班牙在远东的势力。尽管阿库尼亚总督在城头降下了西班牙王旗，签署了承认大明“保护权”、开放港口、支付巨额赔款的条约，但条约的墨迹未干，一股潜藏的暗流已在深海之下汹涌澎湃。
就在大明特混舰队主力大部分撤离，仅留下少量舰只监督条约执行、并准备接收第一批赔款物资时，一艘伤痕累累的西班牙大帆船，借着浓密的晨雾，如同幽灵般悄然驶入了马尼拉湾一个偏僻的岬角。这艘名为“圣洛伦索”号的船只，并非来自美洲，而是从更遥远的西方——印度果阿的葡萄牙殖民地绕道而来。它带来了一个足以改变远东格局的惊人消息，以及一位特殊的乘客。
消息是：西班牙与葡萄牙王室，因复杂的继承关系，已于两年前合并！尽管在海外殖民地，两个帝国的管理暂时依旧分开，但理论上，它们同属一个君主统治！这意味着，原本在远东互相提防、甚至时有摩擦的西班牙与葡萄牙势力，在法律上已成为“一家人”。
而那位特殊乘客，则是葡萄牙印度殖民地总督的特使，唐·费尔南多·德·阿尔梅达爵士。他此行的目的，并非为了庆祝西葡合并，而是带着一个极其敏感和重要的使命——协调西班牙与葡萄牙在远东的力量，共同应对大明这个新崛起的、且极具攻击性的庞然大物。
圣费利佩城堡内，刚刚承受了屈辱投降的阿库尼亚总督，在密室中接待了阿尔梅达。当听到西葡合并的消息时，他先是震惊，随即眼中燃起了复杂的光芒，有惊愕，有苦涩，更有一丝……死灰复燃般的希望。
“阿尔梅达爵士，您来得太晚了！”阿库尼亚声音沙哑，带着无尽的疲惫与怨愤，“如果这个消息早来半年……不，哪怕早来三个月！马尼拉绝不会是今天这个样子！”
阿尔梅达是一位精干的中年贵族，他冷静地听着阿库尼亚的抱怨，直到对方情绪稍平，才缓缓开口：“总督阁下，我理解您的痛苦。但过去无法改变，我们必须着眼于未来。国王陛下（指西班牙国王，兼葡萄牙国王）虽然暂时无力派遣庞大的舰队来远东与明朝人决战，但他授权我们，在东方，可以……灵活行事。”
“灵活行事？”阿库尼亚皱眉。
“是的。”阿尔梅达压低声音，“明面上，我们依旧遵守与明朝人签订的条约，避免直接冲突。但暗地里，果阿和马尼拉必须联合起来。我们可以共享情报，整合资源，甚至……可以秘密支持那些依旧忠于我们、或者仇恨明朝人的土着势力，让他们不断地给明朝人制造麻烦，袭扰他们的航线，消耗他们的力量。”
他眼中闪过一丝狡黠：“明朝人虽然强大，但南洋广袤，岛屿林立，他们想要完全掌控，需要投入巨大的力量。只要我们能让他们在南洋陷入无止境的治安战，让他们觉得统治这里的成本远远高于收益，那么总有一天，他们的扩张势头会放缓，甚至内部会出现问题。到那时，或许就是我们重返巅峰的机会！”
阿库尼亚的心脏剧烈地跳动起来。阿尔梅达的计划，并非正面反击，而是一种更为阴险和长远的“软抵抗”和“代理人战争”。这确实是在目前力量对比下，最现实可行的方案。
“可是……荷兰人已经屈服了。他们还会和我们站在一起吗？”阿库尼亚迟疑道。
“范·德林那个懦夫！”阿尔梅达不屑地哼了一声，“他已经被明朝人吓破了胆。但东印度公司的董事会里，不乏依旧怀恨在心的人。我们可以绕过范·德林，秘密接触那些主战派，向他们提供一些……力所能及的帮助，比如通过我们在印度的据点，为他们转运一些明朝人严禁出口的物资（如硝石、优质钢材），或者共享明朝舰队的动向。”
一个针对大明的、隐秘的抵抗联盟，就在这间密室里，初步成型。虽然它力量薄弱，前景渺茫，但如同投入平静湖面的一颗石子，注定将在大明看似稳固的南洋统治下，激起新的涟漪。
几乎与此同时，在旧港抚民同知周文望的官署，他也接到了一份令人不安的报告。报告来自一支深入苏门答腊内陆进行勘探的小队。小队在密林深处，一个原本与世无争的土着部落里，发现了少量制作精良的、明显不属于本地工艺的铁制武器和火药痕迹。部落酋长言辞闪烁，声称是与“西方来的朋友”交换所得，却拒绝透露更多信息。
周文望看着报告，眉头紧锁。他本能地感觉到，南洋的平静之下，似乎正有新的暗流在涌动。他立刻下令加强旧港周边巡逻，并派出更多细作，密切监视那些与西夷有过接触、或地理位置偏僻的土着部落动向。
树欲静而风不止。大明龙旗虽已插遍南洋要冲，但想要真正消化这片广袤而复杂的海域，需要面对的，不仅仅是明面上的敌人，还有那些隐藏在阴影中的觊觎者和不甘的亡魂。