跨维通信故障刚刚平息，宇宙又泛起了新的波澜。林若曦在与宇宙之树深度意识连接时，察觉到一股异常的数据暗流在宇宙的信息网络中涌动。经过追踪溯源，发现这股暗流源自“宇宙历史与维度研究委员会”所使用的用于推演宇宙进化的核心算法出现了偏差。
这个算法本是基于多元宇宙海量的数据构建而成，旨在预测宇宙未来的发展趋势，辅助联盟应对潜在危机。但不知为何，它开始输出一系列奇异且相互矛盾的结果，仿佛宇宙的进化轨迹正朝着不可预测的方向偏移。
艾莎和她的科研团队迅速对算法进行全面审查。他们发现，算法偏差的根源在于对文明发展中的“自由意志”因素估计不足。随着多元宇宙中文明数量的增长以及各自独特发展路径的延伸，文明个体所做出的自由选择产生的连锁反应，远远超出了算法最初设定的参数范围。
与此同时，在各个平行宇宙中，受算法偏差影响的现象逐渐显现。一些按照算法预测稳步发展的文明，突然遭遇了意想不到的瓶颈。在一个以生态和谐为发展理念的平行宇宙中，原本预计会持续繁荣的生态系统，因为算法偏差导致对物种进化速度的误判，一些关键物种出现了异常变异，威胁到整个生态平衡。
在另一个科技迅猛发展的平行宇宙，由于算法给出的错误引导，科研方向出现了严重偏差。大量资源被投入到看似前景广阔却根本无法实现的技术研究中，导致科技发展停滞，社会矛盾加剧。
张昊带领着一支行动小组穿梭于这些受影响的平行宇宙之间，试图稳定局势。在生态受威胁的宇宙中，他们与当地的生态学家合作，运用先进的基因编辑技术和生态调控手段，努力纠正物种的异常变异，恢复生态平衡。但每一次调整都面临着诸多不确定性，因为自由意志引发的连锁反应使得生态系统变得极为复杂，任何一个小的变动都可能引发新的问题。
在科技发展受阻的宇宙里，张昊与科研人员一起重新审视科研方向。他们打破原有的思维定式，鼓励科学家们从文明自身的实际需求出发，而非仅仅依赖算法的指引。通过广泛的讨论和头脑风暴，新的科研思路逐渐浮现，一些原本被忽视的领域展现出巨大的发展潜力。
在蓝色行星上，艾莎和她的团队与来自各个平行宇宙的数学家、哲学家共同探讨如何改进算法。他们意识到，要想让算法更准确地反映宇宙的进化，就必须将文明的自由意志作为核心变量纳入其中。这意味着对算法进行一次根本性的重构，从简单的因果推导转变为复杂的、能够适应各种不确定性的动态模型。
经过漫长而艰苦的努力，新的进化算法终于诞生。这个算法不仅能够更精准地预测宇宙的发展趋势，还能实时根据文明的自由意志选择做出调整。当新算法在各个平行宇宙中部署运行后，那些因算法偏差而产生的混乱局面逐渐得到改善。
然而，这场危机让联盟成员们意识到，文明的发展并非遵循着一条既定的、可完全预测的路径。自由意志赋予了每个文明独特的生命力，但也带来了无尽的变数。宇宙的进化是一个充满不确定性的动态过程，即使拥有再先进的算法和技术，也不能完全掌控。
为了更好地应对未来因自由意志引发的各种情况，联盟决定成立“文明自由意志观察站”。这个观察站将持续关注各个文明的发展选择，研究自由意志在文明进化中的作用机制，以便联盟能够更及时、有效地应对各种突发状况。
在故事的尾声，多元宇宙在经历这场进化算法偏差的危机后，文明们对自身的发展有了更深层次的思考。他们明白，虽然科技和算法能为发展提供指引，但文明的真正进步源于对自身自由意志的尊重和合理运用。联盟成员们也更加坚定了守护多元宇宙和谐发展的决心，他们知道，未来还有更多因自由意志而起的挑战等待着他们，而这也将为后续的故事展开更广阔的篇章。