SARS疫情的突袭，像一面镜子，照出了中国经济社会发展中存在的深层次矛盾和问题。疫情期间，公共卫生体系的薄弱、区域发展的不平衡、城乡差距的凸显、社会事业发展的滞后等问题集中暴露，让林瀚对发展的内涵有了更为深刻的认识。与此同时，随着经济的快速增长，资源消耗过大、环境污染加剧、生态破坏严重等问题也日益突出，单纯追求Gdp增长速度的发展模式已经难以为继。
经过长时间的观察、思考和调研，林瀚的发展理念逐渐成熟。他越来越清晰地意识到，发展不仅仅是经济总量的增长，更应该是以人为本、全面协调可持续的发展。经济增长必须与社会进步相协调，与资源环境相适应，与人民群众的切身利益相结合。他的这些思考，与中央高层正在酝酿的新的发展理念不谋而合，为科学发展观的形成提供了重要的实践基础和思想源泉。
在参与起草国家“十一五”规划建议的过程中，林瀚系统地阐述了自己的发展理念和政策主张。他在起草组内部会议上强调：“‘十一五’时期是我国经济社会发展的关键阶段，我们必须转变发展观念，创新发展模式，提高发展质量。要彻底摒弃单纯追求Gdp增长的片面发展观，把经济社会发展切实转入以人为本、全面协调可持续的轨道上来，让发展的成果真正惠及全体人民。”
为了将这一理念落到实处，林瀚重点强调了五个方面的协调发展：
一是城乡协调发展。他指出，长期以来，我国城乡发展不平衡的问题十分突出，农村基础设施薄弱、公共服务滞后、农民收入水平偏低，已经成为制约经济社会发展的重要因素。“十一五”时期，必须把建设社会主义新农村作为重要任务，坚持工业反哺农业、城市支持农村的方针，加大对农村的投入力度，加快农村基础设施建设和社会事业发展，促进农业增效、农民增收、农村繁荣，逐步缩小城乡差距，实现城乡协调发展。
二是区域协调发展。我国地域辽阔，区域发展差距较大，东部地区经济发达，中西部地区发展相对滞后。林瀚提出，要继续推进西部大开发战略，加大对西部地区的政策支持和资金投入，加强基础设施建设，培育特色优势产业，促进西部地区加快发展；振兴东北地区等老工业基地，加快产业结构调整和国有企业改革改组改造，提升老工业基地的竞争力；促进中部地区崛起，发挥中部地区的区位优势和资源优势，加快承接产业转移，培育新的经济增长点；鼓励东部地区率先发展，加快产业升级和自主创新，提高发展质量和效益，带动全国经济发展。通过实施区域协调发展战略，逐步缩小区域发展差距，形成东中西优势互补、良性互动的区域协调发展格局。
三是经济社会协调发展。长期以来，我国经济发展与社会事业发展存在“一条腿长、一条腿短”的问题，教育、科技、文化、卫生等社会事业发展相对滞后，难以满足人民群众日益增长的精神文化和医疗卫生需求。林瀚强调，要坚持以人为本，把社会事业发展放在更加突出的位置，加大对教育、科技、文化、卫生等领域的投入，完善社会公共服务体系，提高公共服务水平，促进经济发展与社会进步相协调，让人民群众共享发展成果。
四是人与自然和谐发展。随着经济的快速增长，我国面临着日益严峻的资源环境压力，资源短缺、环境污染、生态破坏等问题已经成为制约经济社会可持续发展的重要瓶颈。林瀚提出，要树立和落实绿色发展理念，加快建设资源节约型、环境友好型社会。坚持节约资源和保护环境的基本国策，大力推进节能减排，发展循环经济和节能环保产业，加强生态环境保护和治理，合理开发利用自然资源，实现人与自然和谐相处，推动经济社会可持续发展。
五是国内发展和对外开放协调。入世后，我国对外开放进入了新的阶段，与世界经济的联系日益紧密。林瀚认为，在扩大对外开放的同时，必须重视维护国家经济安全。要坚持独立自主、自力更生的原则，统筹国内国际两个大局，充分利用国内国际两个市场、两种资源，优化资源配置，提高对外开放的质量和水平。要加强对对外开放的宏观调控和管理，防范国际经济风险，维护国家经济安全和利益，实现国内发展和对外开放的良性互动。
林瀚的这些观点和建议，得到了起草组全体成员的广泛认同，并被充分吸收到“十一五”规划建议中。随后，这些观点经过中央的高度凝练和升华，形成了指导中国未来发展的重大战略思想——科学发展观。这一思想深刻回答了实现什么样的发展、怎样发展等重大问题，成为中国特色社会主义理论体系的重要组成部分。
虽然林瀚不是科学发展观的唯一提出者，但他以其扎实的实践基础、深入的理论思考和富有建设性的政策建议，为这一科学理论的丰富和完善作出了重要贡献。在国家计委内部，林瀚也成为贯彻落实科学发展观的核心推动者之一。他组织开展了多轮科学发展观学习培训活动，引导干部职工转变发展观念，树立正确的政绩观；在项目审批、政策制定等工作中，他始终坚持以科学发展观为指导，注重统筹兼顾，突出以人为本，推动经济社会全面协调可持续发展。
2006年，十届全国人大四次会议审议通过了《中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》，这一规划成为第一个全面贯彻和体现科学发展观的五年规划，标志着中国的发展理念进入了一个新的阶段。在科学发展观的指引下，中国经济社会发展逐步摆脱了单纯追求速度的粗放模式，走上了注重质量和效益、统筹兼顾、可持续发展的正确道路，为国家的长远发展奠定了坚实基础。