军事内阁的成立，如同为大明这台庞大的战争机器注入了全新的灵魂和高效的中枢神经。
朱常洛终于可以从繁琐具体的军务中抽身，将更多精力投入到更宏观的国策制定和推动其他领域的改革上。他只需要在军事内阁会议上提出战略方向和要求，例如“强军”、“革新装备”、“优化编制”，孙承宗、袁可立、秦良玉等人便能迅速领会圣意，组织相关人员进行详尽的论证，并拿出切实可行的方案供他决策。朱常洛的角色，更多地转向了最终拍板者以及协调各方资源、确保政令畅通的保障者。
军事内阁运转后的第一项重大举措，便是秉承朱常洛“总结得失，以利再战”的旨意，组织所有参与蓟州之战的将领、中层军官乃至有经验的老兵，进行了一场规模空前的战后大总结。会议在严肃而务实的气氛中进行，摒弃了过往文过饰非的陋习，直面问题，畅所欲言。
数日后，一份厚实的《蓟州战役得失总结及军备整饬建言》奏章，摆在了朱常洛和全体军事内阁成员的案头。奏章首先肯定了新式火器的巨大作用，明确指出“火炮轰鸣，火枪齐射，实乃此役制胜之关键”，但随之而来的，是一连串尖锐而具体的问题：
一、火器虽利，弊病亦多。
火枪：配备数量仍显不足，未能完全形成持续火力密度；射速偏慢，面对高速冲锋之敌仍有压力；有效射程较近，尤其对披挂三重重甲之八旗白甲兵，穿透力不足，往往需近至数十步内方能破甲；连续射击后枪管过热，易变形甚至炸膛，影响作战持续性。
火炮：红夷大炮等重型火炮威力巨大，但过于笨重，机动性差，难以跟随部队快速转移，尤其在追击战中往往掉队，导致火力支援中断。
建言：恳请陛下督饬皇家制造局、西山兵工厂，集中工匠之力，着力研发射速更快、射程更远、破甲能力更强之新式火铳，并改进冶炼工艺，提升枪管质量，解决过热问题。同时，需大力提升火器产量，尽快实现全军普及，并研发更轻便、适于野战伴随之火炮。
二、机动不足，追歼乏力。
此役追击阶段，虽有关宁铁骑，然步兵及炮兵主力，尤其是满桂、冉见龙部，因缺乏足够驮马及车辆，行军速度缓慢，导致合围迟缓，未能将努尔哈赤残部全歼于喜峰口内。后勤辎重运输亦严重依赖畜力，效率低下，制约大军持续作战能力。
建言：亟需扩充官营马场，鼓励民间养马，多方筹措战马。同时，工部应研发、制造更多适用于山地、丘陵地带的运输车辆，提升后勤保障及部队战略机动能力。
三、旧军臃肿，亟需革新。
原蓟州镇边军、各地卫所兵，不仅战斗力低下，临阵畏敌，且空耗巨额粮饷，已成财政沉重负担。卫所制度败坏，军户困苦，逃亡甚众，名存实亡。
建言：择内地数省先行试点，对卫所制度进行彻底改革。解放原军户，允许其转为民籍，择业谋生。撤销冗余卫所，保留要害之地之卫所，但其职能转为维持地方治安、缉捕盗贼、巡逻关卡等，不再以对外征战为主要任务。卫所兵员改为募兵制，确定员额编制，饷银由户部统一核定、拨发，杜绝克扣，并加强训练，使其成为可靠的后备力量与治安部队。
四、新军扩编，以为骨干。
鉴于皇家新军、登莱新军在战役中表现出的强大战斗力，建议以此为基础，大力扩编新式军队，作为国家防务之核心。
大明皇家陆军新军：以西山军营现有皇家新军为骨干，扩编为十个旅，定员五万人。装备最精良之火器，施以最严格之训练，成为拱卫京畿、随时策应四方之战略总预备队。
大明皇家海军：以孙元化所部登莱新军及水师为骨干，整合沿海水师力量，组建大明皇家海军，定员十万人。大力发展战舰，装备舰炮，不仅要防御海疆，更要具备远洋作战能力，护卫海贸，开拓万里波涛。
大明皇家辽东新军：责令辽东巡抚熊廷弼，参照皇家新军编制、操典，以祖大寿之关宁铁骑为骨干，吸收辽地悍勇之士，组建一支以骑兵为主、步骑炮协同之辽东新军，定员十五万人。逐步换装火器，成为压制建州、经略辽东之绝对主力。
这份总结报告和建言，问题抓得准，建议提得实，深合朱常洛之心意。他在军事内阁会议上，当着所有成员的面，朱批了八个大字：“切中时弊，照此推行！”
随着朱批落下，军事内阁这部新安装的引擎开始全速运转。
一道道命令从军事内阁发出：
诏令皇家制造局、西山兵工厂，集中力量攻关新型火器，皇帝内帑拨付专款，不计成本！
户部、兵部联合勘定内地卫所改革试点省份，制定详尽的改革方案与安置措施。
兵部会同户部、工部，开始制定详细的皇家陆军新军、皇家海军、辽东新军的扩编计划、预算及装备采购清单。
鼓励养马、研制新式车辆的政令也迅速拟就，准备下发。
一场涉及军事体制、装备研发、军队编制的深刻变革，在军事内阁的高效推动下，以前所未有的速度和决心，在大明帝国全面铺开。朱常洛站在乾清宫的巨幅地图前，看着那些被标记出来的即将进行改革和组建新军的区域，心中充满了期待。他知道，一旦这些举措落实，大明将拥有一支真正意义上的近代化军队，届时，不仅辽东可定，四海亦将宾服。一个前所未有的强盛时代，正在他的手中，一步步从蓝图变为现实。