就在东南海疆如火如荼地筹备远航、官民合力共拓蓝海之际，大明西南的四川盆地，却笼罩在叛乱的烽火与血雨腥风之中。
自泰昌元年九月，奢崇明、安邦彦扯旗造反，围攻成都以来，局势一度岌岌可危。
然而，奉命平叛的总兵官秦良玉，却并未如历史上那般仓促出兵，而是按照朱常洛的指示，展现出了非常惊人的耐心与战略远见。
无论是她还是朱常洛都知道，凭借手中现有的兵力以及战斗力堪忧的湖广、四川本地卫所兵，贸然与凶悍的土司叛军野战，就算是打赢了也必然会遭受到极大的损失。
因此，秦良玉屯兵湖广与四川交界处，在秭归她以兄长秦邦屏率领的、装备精良、训练有素的新军第一旅为骨干，大刀阔斧地对从湖南、湖北等地征召的卫所兵进行整训。
其中老弱者被果断淘汰，发放路费遣散归乡，革除军户的籍贯；留下的青壮则被打散重编，与第一旅的官兵混编，由新军军官严加操练。
同时，她也利用自己军事内阁辅臣的身份和皇帝的全力支持，优先从西山兵工厂和大明皇家制造局调拨来了大批新式的燧发火枪和轻型野战炮，装备这支新编练的“平叛新军”。
训练场上，口号震天，火枪射击声不绝于耳。
秦良玉亲自督练，要求极其严格。她要的不是人数，而是一支能在山地丛林间与叛军精锐抗衡的虎狼之师。
这个过程耗费了数月时间，但也因此，当泰昌二年四月，秦良玉终于认为时机成熟，率领这支焕然一新的两万新军，逆长江而上，经宜昌、万州进入四川时，军队的士气和战斗力已非昔日吴下阿蒙。
而在秦良玉整军备战的这段时间里，成都的防御也在持续加强。
面对叛军的重重围困，蜀王朱至澍起初惊慌失措，只想固守王府，保全性命家财。然而，锦衣卫指挥同知田尔耕却奉朱常洛的密旨，冒险潜入成都，给蜀王带来了皇帝不容置疑的旨意：“成都在，则蜀王在；成都破，则蜀王……与城偕亡！”同时，旨意中也明确，守城所需钱粮，可由蜀王府库先行支应，事后再由朝廷补偿。
蜀王虽然不愿意，可是性命攸关，再加上田尔耕逼迫的紧，最后不得不拿出一百万两白银，交由马祥麟募并组建守城军队。
马祥麟得到了蜀王的巨资，精神大振。他利用这笔巨资，重赏守城勇士，加固城防工事，招募城中青壮协同防守，并不断组织精锐小队出城袭扰叛军。
在充足钱粮的支撑下，马祥麟带领的白杆兵和辅成都守军士气大振，顶住了叛军一次又一次的猛攻。
奢崇明和安邦彦虽然兵力占优，却始终无法攻克这座重新焕发生机的坚城，反而被牢牢牵制在成都城下，师老兵疲。
在这种态势下，当秦良玉在泰昌二年四月，率领养精蓄锐已久的平叛新军，以锐不可当之势从东面杀入四川时，叛军顿时陷入了腹背受敌的困境。
秦良玉用兵稳健，并不急于与叛军主力决战，而是采取“先剪羽翼，再捣腹心”的策略，分兵收复重庆等周边重要州县，清除叛军的外围据点，逐步压缩其活动空间。
新军装备的燧发枪在野战和攻坚中展现了巨大优势，叛军的弓箭和土枪往往尚未进入有效射程，就被密集的火力击溃。
四川战局，随着秦良玉的到来，开始向着有利于朝廷的方向迅速扭转。
不过为了彻底解决四川，云南，贵州等地的土司问题，真正的实现改土归流。秦良玉明明有机会一举将奢崇明和安邦彦铲除，但是她却并没有，而是按照朱常洛的建议对奢崇明和安邦彦二人采用了驱虎吞狼的策略。将他们二人不断的驱赶到其他土司的领地，然后以此为借口率领大军压境，将一个又一个的土司给铲除掉，然后从其他地方派出精干的官吏，对原土司管理的地方进行治理，将其真正的纳入朝廷的管理体系之中。
而朱常洛之所以想到这个办法来解决土司问题，则是借鉴了诸葛亮七擒孟获的故事。
诸葛亮明明有能力一举擒杀孟获，可是为何却又对对孟获抓了又放，放了又抓，并不是他闲的无聊，而是想要借孟获的手将那些藏在深山密林里面的蛮人给吸引出来。
毕竟对付孟获，诸葛亮是得心应手。而如果换了个对手说不定诸葛亮就要真正的翻山越岭去把那些蛮人部落给找出来，以当时的条件哪怕诸葛亮有那个手段，也必定要费很大的精力。
于是就这样奢崇明和安邦彦在云贵川的大山里面不断的逃，而秦良玉，马祥麟则不断地派兵在后面追，一点一点的将云贵川等地的土司势力给瓦解。
当然秦良玉如此忠心耿耿的替大明卖命，朱常洛也明确表示只要秦良玉解决了云贵川的土司问题，他不惜打破常例对秦良玉进行封王，至于封地则考虑选择在大明传统疆域之外。能够在大明之外打下多大的疆域，朱常洛就会毫不吝啬的给她封多大的王。其目的就是要将人们的目光转移到大明之外更辽阔的世界。