天花在印加帝国的蔓延速度远超贾诩的预估。从库斯科王宫爆发首例病例开始，短短十余日，病毒便如同无形的死神，席卷了整个都城。起初只是平民区出现患者，很快贵族府邸、军队营房甚至祭司神庙都未能幸免。
每日清晨，库斯科的街道上都会多出数百具冰冷的尸体。患者全身布满脓疱，高烧不退，在痛苦的嘶吼中死去。印加人没有任何应对天花的经验，既不知隔离防护，也没有治疗的草药，只能眼睁睁看着亲人邻里接连倒下。为了防止病毒扩散，皇帝阿塔瓦尔帕下令每日焚烧尸体，都城外围的空地上，熊熊烈火日夜不熄，浓烟滚滚，空气中弥漫着烧焦的恶臭与绝望的气息。据统计，巅峰时期每日焚尸数量竟达数千之多，整个库斯科宛如人间炼狱。
“这是神明的降罪！是我们接纳了外来者的贡品，触怒了太阳神！” 大祭司在神庙前高声嘶吼，脸上满是惊恐与狂热。他将天花的爆发归咎于阿塔瓦尔帕收下汉军贡品，认为这是太阳神对帝国的惩罚。这番言论如同星火燎原，迅速在绝望的民众中传播开来。
越来越多的人相信了大祭司的说法，将怒火投向了卧病在床的阿塔瓦尔帕与他身边的亲信。在大祭司的煽动下，数千名民众手持石矛、棍棒，冲向王宫，高喊着 “处死罪人” 的口号。守卫王宫的士兵本就因天花减员严重，又人心惶惶，根本无力抵挡汹涌的人潮，王宫很快被民众攻破。
混乱中，阿塔瓦尔帕的亲信大臣被愤怒的民众活活打死，宫殿内的珍宝被洗劫一空。重病在身的阿塔瓦尔帕被拖拽到王宫广场上，面临着民众的审判。大祭司站在高台上，再次煽动：“只有献祭国王的鲜血，才能平息太阳神的怒火，终结这场瘟疫！”
就在民众准备动手之际，远处突然传来马蹄声与呐喊声。原来是刘裕率领汉军主力抵达库斯科城外，得知城内发生叛乱，立刻下令岳飞率领先锋部队入城平乱。汉军将士身着精良铠甲，手持钢铁武器，如同神兵天降，迅速冲入混乱的城区。
民众手中的石矛、棍棒在汉军的刀枪面前不堪一击，叛乱很快被平息。大祭司被汉军生擒，狂热的民众纷纷四散奔逃。刘裕走进王宫广场，看着满地的尸体与狼狈不堪、奄奄一息的阿塔瓦尔帕，心中五味杂陈。
“将阿塔瓦尔帕带回医治，好生看管。” 刘裕下令道。随后，他又命人将大祭司带到面前，冷声道：“你妖言惑众，煽动叛乱，害死无数百姓，可知罪？”
大祭司昂首挺胸，怒视着刘裕：“是你们带来了瘟疫，触怒了神明！我做的一切都是为了拯救帝国！”
刘裕冷笑一声，命人将他带到焚尸场：“看看这些死去的百姓，他们都是因天花而死，与神明无关！若不是你煽动叛乱，只会有更多人死于瘟疫，而非刀兵之下！”
大祭司看着焚尸场上堆积的尸体与熊熊烈火，脸色瞬间变得惨白，口中喃喃自语：“不是神明降罪…… 那这到底是什么……”
刘裕命人将大祭司关押起来，随后下令全军接管库斯科城。汉军士兵迅速建立秩序，封锁疫区，将患者隔离治疗，同时分发粮食与药品，安抚民心。军医们按照中原的防疫经验，教导民众焚烧污染物、饮用煮沸的水，有效遏制了天花的进一步蔓延。
几日后，阿塔瓦尔帕的病情在汉军军医的救治下逐渐稳定。他得知王宫被破、亲信被杀的消息后，悲痛欲绝，也彻底认清了现实。当刘裕来看望他时，阿塔瓦尔帕挣扎着跪倒在地：“臣愿率领印加帝国全体子民，归顺大汉，只求陛下能拯救我的百姓，终结这场灾难。”
刘裕扶起他，沉声道：“朕准你归顺。你依旧担任印加国王，协助汉军治理帝国，但需听从美洲都护府的调度。朕会派遣更多的军医与药品前来，助你们战胜瘟疫。”
“谢陛下恩典！” 阿塔瓦尔帕感激涕零。
在汉军的帮助下，库斯科的天花疫情逐渐得到控制，死亡人数不断减少。汉军推行的防疫措施与治疗方法，让印加人看到了希望，也对汉军的 “神力” 更加敬畏。与此同时，霍去病率领的部队分头接管了印加帝国的其他城市，那些因天花而陷入混乱的地区，在汉军的武力威慑与仁德安抚下，纷纷归附。
曾经强盛的印加帝国，在天花的肆虐与内部叛乱的冲击下，彻底崩解，最终归入大汉版图。刘裕站在库斯科的太阳神庙顶端，望着这座逐渐恢复秩序的都城，心中感慨万千。这场胜利，来得惨烈而沉重。他暗下决心，日后治理新大陆，定要推广中原的医术与文明，让这样的灾难不再重演。
随着印加帝国的覆灭，南美大陆的主要文明尽数被汉军收服。刘裕下令在库斯科设立南美都护府，统筹管理南美地区的事务，同时继续派遣舰队与军队，探索大陆的最南端。大汉的旗帜，终于插上了南美大陆的土地，一个横跨新旧大陆的庞大帝国，正在他的手中逐渐成型。