数日后，经由太子朱标牵头，会同吏部、工部、户部详细拟定的《格物院设例》及《吏员分科考选试行章程》草案，被郑重呈送至朱元璋的御案前。草案对机构设置、官员品级、职责权限、考选流程、经费来源及试点范围等都做了细致规定，最大程度地体现了“限定范围、明确权责、先行试点”的原则。
朱元璋仔细审阅后，沉吟片刻，决定将此议交付朝会公议。他深知，如此触及根本的变革，即便有自己乾纲独断，若不能在一定程度上平息物议、凝聚共识，将来推行起来也必然阻力重重。
翌日清晨，奉天殿内，文武百官肃立。当内侍高声宣读完两份章程草案后，原本寂静的大殿顿时响起一片压抑不住的嗡嗡议论声。果然，如同朱元璋所预料，反对之声骤起。
率先发难的是一位都察院的资深御史，他须发皆白，情绪激动地出列，声音带着颤音：“陛下！臣闻此议，心惊胆战！科举取士，乃祖宗成法，天下士子砥砺名节、皓首穷经之正途！今若开此杂流，使工匠胥吏亦可轻易获授品级，岂非混淆清浊，褒渎名器？长此以往，谁还愿寒窗苦读？圣贤之道，将置于何地？！臣恐天下读书人心寒，士林风气败坏啊！” 这番话，代表了绝大多数传统儒臣的心声。
紧接着，户部一位侍郎也出列陈词，角度更为实际：“陛下，太子殿下，臣非不赞同革新。然朝廷近年来，兴举颇多：水泥工坊扩建需银钱，驿站系统维护需钱粮，筹建中之‘大明皇家银行’更需巨额本金以为信用之基，加之龙江宝船厂奉旨试制新船，所费亦是不赀。国库虽因新政略有盈余，然各项开支浩繁，已是捉襟见肘。如今再设格物院，增置吏员品级俸禄，岁出又将大增！钱粮从何而来？若加赋于民，恐非陛下爱民之本意啊！” 这番话，点出了最现实的财政困难。
更有官员忧心忡忡地提及：“陛下，新政频出，虽利在长远，然地方官吏疲于应付，恐生怨怼。且新设机构、新立规矩，需人执行，需时磨合，其间若有好佞之辈借机生事，或各地执行偏差，恐反生扰民之弊，有损陛下圣德！”
朝堂之上，反对之声此起彼伏，理由各异，但核心都围绕着“违背祖制、耗费国帑、执行困难”这几大要害。不少官员偷眼观察御座上的朱元璋和一旁的太子朱标，心中暗自揣测圣意，只觉得近来陛下推行的政策，愈发显得高深莫测，令人敬畏。
朱雄英作为皇太孙，亦在殿中旁听。他听着大臣们一条条看似有理有据的反对意见，尤其是户部关于钱粮的诘问，心中不禁感叹：
「唉，说到底，还是大明太穷了！财政收入就这么多，蛋糕就这么大，要想办新事，就得从别处省，或者……把蛋糕做大！看来，光节流不行，还得想办法开源，得搞点来钱快、收益大的新点子才行……」
龙椅之上，朱元璋面沉如水，静听群臣发言，并未急于表态。待议论声稍歇，他才将目光投向太子朱标。
朱标会意，从容出列。他先是对反对意见表示理解，然后沉稳地开始回应：
“诸位臣工所虑，皆是为国为民，孤与陛下感同身受。”他先定下基调，安抚情绪，随即话锋一转，“然，诸位可知，为何要设格物院？乃因北元遗患未除，边防需更利之火铳；黄河时有泛滥，百姓需更固之堤坝！此皆关乎国本民生！为何要试行李员考选？乃因胥吏无望而生贪墨，朝廷良法美意，往往阻于基层，难以惠及黎民！此弊不除，纵有良种利器，亦如锦衣夜行！”
他接着针对财政问题：“至于钱粮之虑，章程中已有明确。格物院及吏员考选，皆先行试点，范围有限，所需经费，初期由内帑拨付部分，不足者，由相关各部于原有预算内调剂支应，绝不加赋于民！且诸位试想，若格物院真能研发出高效织机，则织造之利可增；若新吏治能减少贪墨损耗，则等于为国库开源！此乃以一时之有限投入，谋长远之巨大回报，绝非纯消耗！”
最后，他强调原则：“陛下已有明训：格物院及杂途吏员，品级不得过高，权责不得僭越，一切需在现有体制框架内运行，绝不动摇科举正途之根本！此次试行，意在查漏补缺，完善制度，若确有不妥，陛下自会下旨叫停。还望诸位臣工，体察圣意，以国事为重，共谋良策，而非固守成见。”
朱标一番话，有理有据，有柔有刚，既阐明了必要性，也回应了核心关切，更亮出了朱元璋的底线。
朱元璋此时方才缓缓开口，声音不高，却带着不容置疑的威严：“太子所言，即是咱意。咱知道，变法维新，从无易事。然，咱更知，固步自封，乃取祸之道！设立格物院，考选专业吏员，非为标新立异，实为巩固国本、惠泽苍生之必需！”
他目光如电，扫过全场：“此事，咱意已决！着即依章程，于京师应天府择地、择衙先行试点！太子总责，吏、工、户三部协同办理，各部堂官需全力配合，不得推诿阻挠！试行期间，有何利弊得失，需及时奏报！退朝！”
言毕，朱元璋起身离去，留下满殿文武，心情复杂。反对者虽心有不甘，但见皇帝意志坚决，太子解释清晰，且限于试点，也只得暂且观望。更多的大臣，则是深深感受到了洪武皇帝那深不可测的布局能力和推动变革的强悍意志，心中敬畏之情更甚，行事也愈发谨慎。
一场朝堂风波，在朱元璋的绝对权威和朱标的妥善应对下，暂时平息。两项重大的制度改革，终于获得了在现实中试水的机会。而朱雄英回到东宫，则开始认真思考，如何为这个看似“缺钱”的大明帝国，找到新的“财源”。帝国的车轮，在争议与权衡中，继续向着未知的前方碾去。