在月球被炸毁七成后，杀老~师被世界政府通缉。在各国的暗杀失败后，杀老~师对各国政府提议，自愿成为椚丘学园三年级E班班主任。并保证不会伤害学生。
在防卫省的人将杀老~师带到E班后，便对学生们介绍自己便是炸了月球爆炸的元凶（实为柳泽夸太郎实验白鼠失败后所导致），打算在第二年3月破坏地球。
政府委托E班全员暗杀杀老~师，成功的报酬是100亿日元。于是各路同学想尽办法在保密的情况下进行暗杀老~师的计划，这场教师与学生之间的非日常学园生活开始了。
在杀老~师来到E班两周后，学生们几乎都适应了杀老~师在E班的事情。每天都积极暗杀，杀老~师也尽全力的教书，及躲避暗杀。
在一次课堂上，潮田渚被寺阪三人组威胁以手榴弹|自~杀式攻击对杀老~师进行暗杀，被杀老~师脱皮将其救下。随后也第一次在E班展露出漆黑的暴怒。
随后以极快的速度瞬间就将主谋寺阪等三人周遭的亲人的门牌搜集过来。警告他们以后如果再敢用这种伤害同学的方式暗杀，虽然与政府约定不会伤害学生，但不保证不会对他们的亲人，朋友动手。随后恢复成原来的颜色，并批评了他们几个。
从这之后潮田渚也对杀老|师有着好奇心和探测心，也对杀老|师有着绝对的信任。
暗杀行动仍在继续，渚逐渐发现了杀老|师的弱点，并将其弱点一一记录下来。
由于杀老|师的体育教学太过异次元，精锐部队出身的乌间担任起三年E班的体育老师，第一节课就让同学们大玩匕首。此时停学期满的优秀学生赤羽业回到了三年E班，第一次与杀老|师见面就对杀老|师的触手造成伤害（将制作匕首的材料裁成细条，粘在手心。与杀老|师握手时将杀老|师触手破坏）。不过杀老|师领教业的手段后，将业的暗杀行动一一化解。在业最后的一次暗杀中，救下了从悬崖跳下的业，并对他说;绝不会放弃一个学生。感化了原本因救助被欺负的E班同学而打伤高年级的优秀生，被老师训斥被打入E班，对老师心怀怨恨的业。随后也让业也逐渐融入班集之中。
杀老师英雄救美，帮助了一位金发美女。没想到这位美女竟是3年E班新来的外语老师，名叫伊莉娜·叶拉比琪。伊莉娜老师缠上了杀老师，面对美色杀老师竟然害羞变成了粉红色。而伊莉娜其实是政府派遣的杀手，她一到任就设下了自己擅长的甜蜜陷阱，伊莉娜准备利用美人计及各种机枪将杀老师暗杀，不过依旧没有成功。随后在杀老师的计划下，伊莉娜也正式成为E班的英语老师，并与学生成为朋友。
作为椚丘学院最高支配者的理事长浅野学峰来到了E班，他提出了让E班保持现状的要求，
认为老师的拼命补习也没有必要，而杀老师也反驳了他的教育理念。而考验就在明天的期中考试，杀老师用他的马赫速度作出几十个虚像分身来辅导学生。而学生们想着的只是能杀掉老师得到赏金，无心学习。这让杀老师十分生气，对学生作出宣言，如果没办法全班考入全年级前50名，就离开E班。
被要求考进年级前50名的同学们第二天也在考场上与试题展开了较量。但因学校严重超出学习范围出题，E班也因此惨败。杀老师在考试后十分自责，而先前因杀老师根据其自身能力而给予的超范围辅导，在这次考试中取得优异成绩的赤羽业，拿出考卷。用激将法刺激杀老师，成功激励杀老师与E班学生决定在下一次考试中赢过主校宿的学生。
三年E班即将迎来疑似刺客的二个转学生，第一个转学生已经来到了E班，学生们对此有些期待，但在教室里等着E班其中一个转学生的并不是人类，而是名为“自律思考固定炮台”的超智能机器人！自律思考固定炮台的任务是始终瞄准杀老师进行攻击，但杀老师却对这位刺客毫不在意。但她的行为却因影响上课让E班的学生反感。最终被杀老师的自主研发进行了985项改造，耗资20万日元。使其能与E班学生协调暗杀，不影响上课，并被学生们取了小律为昵称。但随后用被开发者将其改造删除、拆卸和格式化，但小律在删除前自主保存起来，在E班和同学们进行着愉快的校园生活。
正值梅雨季节，同学们从律那里得知另一个的转校生是个厉害的角色，过了不久。一名身穿白衣服的人进入教室。自称白先生，是新来的转校生堀部营的监护人。教室的墙壁被直接从外部被打破，随后进来一个人，正是新来的转校生堀部营，并且全身没有被雨淋过。在自我介绍时，自称是杀老师的弟弟，并发现他的爱好与杀老师相同。随后他便与杀老师下了战书，在放学后决战。
放学后的比试，使同学们了解到了兄弟的真正含义，瞬间斩断杀老师触手的小营竟也拥有触手，看到小营头发里伸出的触手后杀老师露出了愤怒的表情并质问他触手的来历。
营对杀老师展开猛烈的攻势，白在旁边不断削弱杀老师的能力，并声称自己知道杀老师的所有弱点。使杀老师头一次被逼进窘境。但随后杀老师看穿了营的攻击，将其击出场外。并建议营来E班学习，与E班学生相互配合。但讨厌学习的营听到杀老师的说教后，暴走了起来，白向其注射了麻醉针，并将其带走。
随后学生们质问杀老师，当时为什么会那么愤怒。杀老师只告诉了学生自己是人工制造出来的超生物，并以‘没有意义’为由，没有回答学生的其他的问题。
学期末很快就到了，为了鼓励学生，以自己的触手为代价，奖励给能在单科上取得全校第一的E班学生一根触手（每失去一条触手，行动能力会直接下降20%，）另一方面E班同学得知，站在学校顶点的由浅野学秀率领的五英杰正打算在这次考试中将E班全面击垮。
考试前夕，杀老师不断用他的速度作出许多虚像分身来辅导学生。五英杰向e班宣战，并以单科成绩第一来决胜负，输的一方必须无条件的答应赢的一方一个要求。杀老师向e班同学提议，赢了A班后，以‘三天两夜的（伏魔岛）旅行’为奖品。
在期末考试后，e班以3：2的单科成绩赢过A班，并向他们提出要求。同时也因为杀老师答应学生的：给能在单科上取得全校第一的E班学生一根触手，而取得单科全校第一的：中村莉樱，矶贝悠马，奥田爱美，以及因杀老师失算的家庭科满分的村松拓哉狭间绮罗罗，寺坂龙马，吉田大成四人。每人一根触手。
普久间岛是处于冲绳的离岛，普久间岛大部分的设施都是正常的，但位于山顶上的饭店会进行黑市交易和派对的违|法行为，由于正要袒护连JC都不能轻易出手，被JC称为“伏魔岛”原本只有成绩优秀的3年A班能在暑假到普久间岛进行三天两夜的旅行。但这次3年E班在打赌胜利赢得了旅行的资格。
e班同学打算在这次旅行实施暗杀计划，为此就连乌间老师也亲自指导。
期间杀老师被因为大意而将一个月只能使用一次的杀手锏‘蜕皮’使用掉。
杀老师被同学们诱骗到一间四面环海的木屋中看电影，但其实也很期待学生们的暗杀，并时刻注意在岸边的狙击手，影片中播放了杀老师的所有丑事（一些让人羞耻的事）让杀老师大受打击，导致分心。这时杀老师才注意到，自己的触手被水浸没无法动弹。而矶贝等人，击杀杀老师先前答应的触手。其他人则乘杀老师失去熟手时，发起进攻。
之后杀老师因为不敌，而使用“完全防御形态”但缺点是不能移动，且只有经过24小时后才会自然破碎，恢复原来的形态。
但在暗杀结束后，大多数学生却因为食物中毒发高烧而倒下，这时乌间老师接到一个电话，电话那头的神秘人告诉乌间老师，是他使用了病毒，并称自己拥有这些病毒的解药，限1小时内让潮田渚与茅野枫（个子最小的一对男女）两人将已经进入完全防御形态的杀老师带到山顶上饭店的顶层，否则就将解药用炸弹引爆。
但乌间老师担心，敌人会带着杀老师并挟持他们两人逃跑。杀老师则提议让乌间老师带上能够自由行动的学生们，从无人看守的酒店后门潜入，到达顶层后对敌人展开奇袭夺取解药。
在刚进入前台时，伊莉娜老师用美色与音色|诱惑守卫，随后在乌间老师的带领下，众人成功潜入酒店的内部，由于寺坂等人的鲁莽，使得乌间老师中了敌人SMOG所研发出来的毒气，无法动弹。随后杀老师感叹：“
终于有了暑假的感觉”被众人让渚把他在塑料袋转到头晕。随后遇到了另一名杀手GRIP，业大展身手成功利用计谋打倒了敌人，杀老师称其成长了许多。最后GASTRO因察觉到异常而出去巡逻，发现了藏在演唱会大厅的e班学生，之后杀老师采用洗牌战术使GASTRO无法掌握学生的位置。并开导了因暗杀失败的千叶，速水两人。使其鼓起勇气将舞台灯光打落，制服敌人。
随后众人到达顶层房间，见到了幕后黑手。此人竟是先前被渚在体育课打倒的鹰冈明。鹰冈表明因为之前因为被渚打倒，而感到屈辱。让渚带杀老师过来，也是为了复仇。鹰冈将众人带到楼顶，并将解药全部炸毁。面对穷凶极恶的鹰冈，渚感到极为愤怒，杀意达到极点。被寺坂龙马的电击棒打断，使用了先前罗威罗传授的技巧打倒了鹰冈。这时先前被e班打倒的3名鹰冈雇佣的杀手告诉众人，一开始就不存在什么解药，鹰冈让他们使用可以杀死人的病毒，但杀手们认为这样有损与他们在杀手界的评价，决定使用有效时间只有3小时的病毒。
随后防卫省将杀老师埋在含有有害物质的混疑土中，当还是皆为徒劳。并与学生在旅行欢乐地度过的最后一天。
章鱼拥有极其强大的能力，1.超强再生能力。其身体遭受破坏后会快速再生，整条触手被切断后预计10秒后能再生完全。2.超强飞行能力。杀老师可以长距离飞行，速度达到20马赫（20倍音速）。3.超强攻击力。杀老师挥动触手的速度也同样是20倍音速，单条触手的力量不会弱于地球上最强的人。战斗智商较高，但有时也会中同学的计。4.超强回避力。20倍音速移动速度当然快。正面攻击根本对他无效。5.超强反应力及动态视力。如果杀老师没有神级反应力的话，光有速度也躲不开子弹啊。6.超强防御力。杀老师可以将身体压缩后形成高密度的橙色结晶体，把头部包围在其中。这个状态能防御核弹的冲击、1500℃以上液态钢的溶解及强酸腐蚀……缺点是身体无法移动，并且只能维持24小时。以及其他能力，每个月会脱一层皮，脱下的皮可以缓冲炸弹的威力，是每月可以用一次的杀手锏。
而当然，想要解决掉这头大章鱼，普通的手段是无法完成的，必须要靠着强大的力量才行。
毕竟这可是能够单纯靠着自身细胞便是毁灭大半个月球的强人，要是能够用普通的方法解决，那么其余大人物们，也不会那么头疼这个家伙了……
可以这么说，如果不是为了跟这个家伙来点好东西，其余人，早就是要将那所学校，给轰成稀巴烂了……哪里还会等到现在，让他继续在里面胡搞西搞……