1794年，由于英国军队的入侵，他带领部队从西班牙军队中哗变，并转而参加法兰西共和国的军队。杜桑·卢维杜尔得到了美国的支援，从美国得到船只和物资供应。1798年，英国干涉军统帅梅特兰与杜桑·卢维杜尔签订了和约，撤回军队。
英国撤军后，杜桑·卢维杜尔转而攻打南部和西部的混血人地盘，屠杀了1万多名混血人妇女和儿童，圣多明克全境至此已都在他的控制之下。卢维杜尔成为圣多明克实际上的统治者（他在1799年被法国执政内阁任命为总督），随后命令那些被释放的奴隶结束游荡，回到土地上去劳动。1800年到1802年间，几乎被完全毁灭的圣多明克经济又逐渐复苏过来。
革命后期
1801年7月1日海地颁布第一部宪法，宣布永远废除奴隶制度，居民在法律面前一律平等，私人财产不可侵犯，提倡贸易自由。杜桑－卢维图尔任终身总统并有权选择继承人。
1801年12月，拿破仑·波拿巴任命查尔斯·勒克莱尔为法国远征军司令，率领54艘战舰组成的舰队和 3万名士兵远征海地。
1802年2月2日，抵达海地角。起义军在亨利·克里斯多夫指挥下坚决还击，下令烧毁海地角。不久，为了摆脱法军的包围，起义军撤退到内地和沿海山区起义军另一将领德萨林在海地西部太子港等战役中亦严重受挫。在起义军失利的情况下，杜桑·卢维杜尔被迫与法军议和。
1802年6月，勒克莱尔设计诱骗杜桑－卢维图尔到海地西部的戈纳伊夫，将杜桑－卢维图尔逮捕并押送到法国，勒克莱尔背信弃义的行动激起海地人民极大愤怒。在德萨林、克里斯托夫以及A.S.佩蒂翁的领导下，起义军发动强大攻势，痛歼法国远征军。
1803年11月18日德萨林攻陷法军最后一个堡垒佛悌埃斯，法军被迫投降，在这次远征中法军共损失 3.5万人。11月29日，海地正式公布《独立宣言》。
1804年1月1日，杜桑·卢维图尔的属下让-雅克·德萨林将军宣布成立海地国，并于当年9月封自己为海地皇帝“雅克一世”。“海地”一词来自泰诺语，意为“多山的”。德萨林发动了灭绝全部幸存白人的战役，在法兰西角，2000名白人被海地军队屠杀；在太子港屠杀了800人，热雷姆屠杀了400人。只有拿破仑军队中的波兰人得到了赦免，因为他们当初拒绝参加镇压黑人的战斗。有400多名波兰人选择留在海地，他们的后裔至今仍说波兰语。
独立后
让-雅克·德萨林是海地的第一位统治者和第一位皇帝，为海地制订了一部高度中央集权的宪法，在海地北部确立了土地私有制，把被驱逐的法国人的产业分配给黑人和黑白混血人。他依靠军事手段实施管理，恢复农业，并把农业收成平均地分配给农民和工人。但是当他试图把在北方行之有效的这套制度用在南方时，却遭到了反抗。德萨林采取强硬手段来推行改革，这些措施反过来又造成政变。
1806年，德萨林被暗杀。当年在太子港制订了新宪法，规定海地为共和国，并限制总统的权力。当上总统的亨利·克里斯多夫对此感到愤恨，试图用武力征服太子港，但是在黑白混血人亚历山大·佩蒂翁的手下遭到了失败。海地随即被分为两部分：亨利·克里斯多夫以海地角为首都统治北部，佩蒂翁以太子港为首都统治南部。
在北方，亨利·克里斯多夫自称“海地总统”，在1811年自立为王，称亨利一世。他驱使黑人为自己修建了6座宫堡、8座宫殿，并驱使20万民工为自己修建了规模巨大的拉费里埃尔堡。亨利·克里斯多夫还创建了贵族等级制度，册封了4个亲王、8个公爵、22个伯爵、37个男爵和14个骑士。他对人民的压榨激起了反抗，1820年，克里斯多夫在一次政变中吞枪自尽。
在海地南方，佩蒂翁将大地产划分为小块的农耕地，此举虽然得人心，但在经济上却是灾难性的。蔗糖的出口从1791年的1.63亿磅跌至1825年的2020磅。佩蒂翁在1818年去世，他的继任者让-皮埃尔·布瓦耶统一了海地，并一直统治到1843年。1822年，他出兵夺占了圣多明各（在1809年重归西班牙统治，1821年宣告独立）。
波旁王朝在法国复辟后，对海地提出了索赔要求，要求其赔偿独立战争期间没收的白人种植园。这一要求在1825年遭到拒绝，法国于是派遣了一支舰队来封锁伊斯帕尼奥拉岛，强索3000万美元的赔偿。布瓦耶最后同意支付1800万美元，但是海地无力支付，于是同法国展开谈判。谈判的最终结果是把赔款减为1200万美元，在30年内支付，每年支付40万美元。为了应付赔款，布瓦耶减少了政府开支，并在农村采取军事管理政策，以期维持农业生产。
1843年，一场地震毁灭了海地首都海地角，太子港则毁于大火。在混乱中，一名黑白混血人夏尔·埃拉尔发动了政变，迫使布瓦耶逃往牙买加。此后四年中，海地先后出了四位黑人总统，并在1844年丧失了圣多明各。
1847年，海地参议院将不识字的黑人卫队长福斯坦·苏鲁克选为总统，福斯坦上台后即将那些试图操纵他的参议员放逐，并在1849年废除了共和国。福斯坦自称为福斯坦一世皇帝，于1852年4月在太子港举行了豪华隆重、耗资巨大的加冕典礼。
福斯坦上台后即试图重新征服圣多明各，但是吃了败仗。到1858年，随着战争带来的开支增大、以及维持皇室排场所需的费用，已经使海地国库极度空虚。1859年1月，身为参谋长的塔巴拉公爵法布尔·热弗拉尔将军发动政变，迫使福斯坦退位，自任总统。