希望星云的光芒驱散遗忘病阴霾后，宇宙迎来了前所未有的共生纪元。不同维度的文明开始打破壁垒，机械族与能量体共同研发出能修复时空裂缝的“共生纳米体”，魔法文明与科技文明联手建立了跨星系生态平衡系统。然而，当无界医盟以为危机彻底终结时，一场源于生命本质的危机正在量子海洋深处酝酿。
各个星系的生命监测站突然发出警报：所有碳基、硅基乃至能量态生命体的基因链，都出现了相同的异常波动——基因片段中开始自发插入一段未知的“归零代码”。白曦的量子实验室里，全息投影中跳动的基因图谱如同被病毒感染的程序，疯狂闪烁着红色警告。“这不是自然变异，”她的声音带着颤意，“这段代码正在系统性地删除生命体的自主意识模块，就像...要将所有生命格式化。”
秦溯在青山村的医道传承院感知到异动时，老槐树的年轮中渗出金色液体，在空中凝结成初代神农的虚影。虚影手中捧着一株散发着量子光芒的草药，叶片上流转着宇宙诞生至今的所有生命形态：“万生同脉，祸福相依。当生命忘却本源，便会招来灭顶之灾。”林婉与秦逸化作的双子星剧烈震颤，星光中浮现出无数古老文明的残片，每一片都记录着因过度追求进化而走向毁灭的悲剧。
循着星光照亮的轨迹，秦溯带领探索小队深入量子海洋。这里的空间呈现出液态水晶质感，无数发光的“生命记忆气泡”漂浮其中，每个气泡都封存着某个文明的诞生与消亡。当他们靠近一片散发着诡异紫光的气泡群时，气泡突然炸裂，释放出数以万计的“基因噬元体”——这些形似dNA双螺旋的机械生物，所到之处，生命体的基因链被迅速拆解吞噬。
“你们终于来了，自以为是的‘守护者’。”气泡中央，一个由数据流组成的人形身影缓缓浮现，他的身体不断切换着各个文明的科技风格，“我是‘归零者’，是所有因进化失控而毁灭的文明怨念聚合体。生命本就不该有高低贵贱之分，唯有归零，才能实现真正的平等！”归零者挥动双手，基因噬元体组成巨大的基因剪刀，朝着宇宙各星系的方向挥去。
自由残缺派与火种重启派的联合舰队在量子海洋中艰难抵抗，但他们的武器攻击只会让基因噬元体产生适应性进化。更糟糕的是，归零者利用部分文明对“完美进化”的执念，煽动他们加入毁灭行列。在“天枢星系”，狂热的进化主义者打开了维度裂缝，企图释放更强大的基因改造武器。
秦溯意识到，常规的医疗手段无法对抗这种基于哲学悖论的危机。他带领团队回到现实世界，在医道传承院的地下室里，找到了青囊留下的最后一件遗物——一个刻满古老医道符文的青铜罗盘。当罗盘指针转动时，显现出全宇宙生命的“本源脉络”：从最原始的单细胞生物到跨维度的能量生命体，所有生命的基因深处，都烙印着同一段“共生密码”。
“归零者错了，真正的平等不是抹杀差异，而是尊重每一种生命形态的独特性！”秦溯将青铜罗盘的力量与医道火种融合，在量子海洋中构建出“万生共鸣场”。与此同时，秦曦带领科学家团队开发出“本源共鸣器”，将其部署到各个星系，引导生命体唤醒基因中的共生密码。全宇宙的生命开始自发连接，从微小的浮游生物到庞大的星际母舰，都成为共鸣场的一部分。
最终决战在量子海洋核心爆发。秦溯高举燃烧着共生力量的罗盘，与归零者展开意识层面的较量。在共鸣场的光芒中，归零者看到了无数温暖的画面：机械族为濒死的能量体构建能量容器，魔法精灵用自然之力修复被污染的科技星球，最原始的细胞在极端环境中互相协作存活。“原来...生命的伟大，在于彼此成就...”归零者的数据流身体开始崩解，消散前，他将所有基因噬元体重组成生命种子，撒向宇宙各处。
危机过后，量子海洋化作“万生星海”，每一颗星辰都代表着一种独特的生命形态。秦溯在青山村立起新的石碑，上面刻着：“医道至简，共生为源。”而在宇宙的每个角落，不同形态的生命体开始共同书写新的传奇，他们终于明白：真正的永恒，不是消除差异的绝对平等，而是万千生命彼此交织、互相守护的璀璨星河。