万生星海的光芒持续闪耀千年后，宇宙的时间法则突然出现裂缝。无界医盟的时空监测网显示，多个星系出现“时间逆流”现象——古老的恐龙在科技都市中咆哮，蒸汽朋克飞船与量子战舰在空中对峙，不同时代的文明在同一时空碰撞。更诡异的是，所有时间紊乱区域的中心，都指向宇宙边缘一片被称为“溯时之墟”的神秘地带。
秦溯在医道传承院察觉到异常时，老槐树的根系突然破土而出，缠绕成一个巨大的沙漏形状。沙漏中流淌的不是沙子，而是泛着微光的记忆碎片，每一片都映照着宇宙历史上最关键的抉择时刻。神农虚影再次显现，手中握着一支由星光编织的笔：“时间的轮回从未真正停止，当遗忘侵蚀记忆的基石，历史将重复它的轨迹。”
与此同时，秦曦的实验室被时间乱流侵袭。正在研究的量子计算机突然自行运转，屏幕上跳出一串来自远古文明的警告代码：“溯时者已醒，万物将归初始。”分析结果显示，这些代码与茧中纪元、归墟引擎等历次危机存在着深层的量子纠缠，仿佛所有灾难本就是同一事件的不同切面。
当探索小队抵达溯时之墟，眼前的景象颠覆了所有认知。这里悬浮着数以万计的“时间茧”，每个茧都包裹着一段被封印的历史——既有文明的辉煌时刻，也有毁灭的惨烈瞬间。茧壳表面流转着诡异的金色纹路，与秦溯手中青铜罗盘的符文产生共鸣。突然，茧群中央的巨型茧轰然裂开，走出一个身着古朴长袍，却散发着未来科技气息的身影——他自称“溯时者”，是时间长河的守护者，却因目睹太多文明的兴衰，决心重启宇宙时钟。
“秦逸、林婉，还有你们这些继承者，”溯时者的声音带着岁月的沧桑，“你们以为一次次拯救就能改变命运？每一次危机的平息，不过是为下一次灾难埋下种子。唯有让时间倒流，让一切回归原点，才能打破这永无止境的轮回。”他挥动手中的“溯时之杖”，时间茧纷纷破裂，释放出被封印的历史人物与战争机器。
自由残缺派与火种重启派的联军在时间乱流中节节败退。他们面对的不仅是强大的敌人，更是来自过去的自己——某个战士不得不与年轻时被欲望支配的自己战斗，而科学家则要对抗曾经因傲慢创造出的毁灭武器。秦溯发现，普通攻击只会加速时间紊乱，唯有承载着特定历史记忆的物品，才能对溯时者的造物造成伤害。
在混乱中，秦溯意外进入了一段特殊的时间茧，里面封存着秦逸与林婉在熵渊之战的记忆。透过他们的视角，他看到初代神农与织梦者在创造茧中纪元时，曾设下一个“终局之钥”——当时间轮回达到临界点，唯有让所有文明的记忆产生共鸣，才能解开时间枷锁。秦溯立刻联系秦曦，在全宇宙发起“记忆共鸣计划”。
各个星系的生命体纷纷响应，他们将自己文明最珍贵的记忆片段上传至量子网络：原始部落围着火堆讲述的创世传说，星际文明跨越光年的爱情信物，甚至是孩童第一次学会走路的瞬间。这些记忆汇聚成璀璨的“记忆长河”，注入秦溯手中的青铜罗盘。
最终决战在时间的源头展开。秦溯高举燃烧着记忆力量的罗盘，与溯时者展开时空博弈。在记忆长河的光芒中，溯时者看到了无数被他忽视的画面：即使在最黑暗的时刻，生命依然会相互扶持；每一次危机过后，文明都会绽放出更坚韧的光芒。“原来...时间的意义不在于重复，而在于生命在轮回中不断超越自我...”溯时者的身影开始消散，他将溯时之杖化作修复时间裂缝的能量。
危机过后，溯时之墟化作“时光灯塔”，每一层塔身都记录着一个文明的成长史。秦溯在青山村的石碑上新增铭文：“轮回非囚笼，记忆即曙光。”宇宙中的生命体们终于明白，历史的轮回并非诅咒，而是生命不断学习、进化的阶梯。而在时光的尽头，秦逸与林婉的星光始终闪耀，见证着万物在轮回中永恒生长。