开封城东粥棚前，流民王二狗捧着豁口陶碗的手突然痉挛。他瞳孔涣散地盯着碗中泛着靛蓝泡沫的米粥，喉咙里挤出嘶哑的吼叫：这粥...粥里有毒！话音未落，整碗粥泼在青石板上，竟蚀出蜂窝状的孔洞。
凌云赶到时，三十具流民尸体已呈放射状倒伏。青禾用银针挑开尸身衣襟，锁骨下方赫然嵌着半片砒霜结晶，在晨光中泛着妖异的紫光。不是普通砒霜。她将结晶碾碎嗅了嗅，掺了西域幻磷草，遇热会释放致幻毒雾。
突然，粮仓方向传来爆炸声。凌云带兵赶去时，只见三车粟米在烈焰中化为焦炭，粮袋缝隙里塞满写满女真文字的桦树皮——正是北元密探惯用的狼烟密信。
通州码头，凌云扮作盐商潜入漕船。当他掀开浸满鱼腥味的舱板时，二十口樟木箱整齐码放，箱内下竟压着成捆的砒霜。暗格里掉出的密信写着：亥时三刻，开闸放毒。
子夜时分，凌云将计就计点燃火把。火光中，十二名蒙面刺客从桅杆跃下，弯刀直取咽喉。凌云旋身避开致命一击，袖中酒囊泼出的烈酒在空中燃起火墙。刺客首领面具崩裂的瞬间，露出许敬宗布满刀疤的脸。
周大人托我捎句话。许敬宗咳着血沫冷笑，青囊炎若传遍大明，第一个要杀的便是你。话音未落，青禾的银针已穿透他右肩，针尖淬着的雄黄酒灼出青烟。
紫宸殿蟠龙金柱上凝着夜露，凌云跪呈染血的账册：洪武三年至今，防疫银两七成流入周氏私矿！朱元璋摩挲着《青囊诏书》，突然将茶盏砸向殿柱：凌院使可知，这些私矿炼的不是铁？
龙案上的密信突然自燃，灰烬中浮现周院使手书：...以疫养匪，炼砒为刃...。兵部尚书突然出列：凌院使克扣三成粮饷，可有凭证？凌云猛然撕开衣襟，胸口狰狞的箭伤赫然是北元狼头箭痕。
此箭来自通州沉船！朱标突然闯入大殿，手中密信直指户部尚书，周院使借防疫之名，在沉船里藏了三百车砒霜！
西苑密室，朱元璋将鎏金匕首拍在案上：周天佑当年毒杀建文旧臣，用的就是这把匕首。他指向窗外飘雪，如今他想用瘟疫清洗人口，将中原变成牧场。
凌云展开《天工开物》残页，上面用朱砂标注着蒸馏器改良图：臣请调工部匠人，三日内仿制三千台消毒蒸馏器。皇帝突然咳嗽，袖口渗出黑血——那是试饮新制疫苗的后遗症。
用朕的血做引。朱元璋割破指尖，血滴入青瓷瓶，传旨，凡接种疫苗者，赐凌氏丹书铁券！
青禾在乱葬岗架起改良蒸馏器。当滚水注入青铜釜，发酵的酒糟腾起靛蓝色雾气。凌云抓起沾满雾气的布条捂住口鼻，突然剧烈咳嗽——布条缝隙渗出的酒精灼伤了他的喉咙。
浓度需达七成！青禾调整着蛇形冷凝管，蒸馏出的液体在月光下泛着翡翠光泽。突然，东南方升起狼烟，探子来报：周院使旧部正在私矿提炼冥火硫磺，伪装成防疫药粉运往隔离区。
当夜，凌云带兵突袭私矿。矿洞深处，三百个青瓷瓶列成北斗七星阵，瓶中药液遇热竟幻化成《周髀算经》中的星图。
青禾墓前的蓝雾中，凌云发现诡异菌菇。当他用《天工开物》记载的方法培养时，菌丝分泌出鼠疫杆菌。深夜，菌菇突然发出人声：漠北有菌，可化青囊为毒。
朱标深夜来访，交出周院使临终血书：速毁菌菇，否则三月后瘟疫变异。凌云将菌菇封入青铜鼎，鼎内刻着的西域文字，竟与《墨子》中的备城门图谱暗合。
凌云戴着傩戏面具走进隔离区，面具眼眶的硫磺晶体在黑夜中泛着幽光。流民们跪地高呼：瘟神显灵！他突然扯下面具，露出被灼伤的脸：此乃《天工开物》记载的火龙出水
青禾捧着新制的布口罩冲来：大人！这是用桑蚕丝加雄黄粉缝制的！话音未落，李慕白带着家丁冲入：遮面毁容，天谴将至！混乱中，李慕白袖中寒光乍现——淬毒银针直射凌云眉心！
千钧一发之际，蒙面人飞身挡下毒针。凌云扯下对方面具，竟是失踪多日的青禾师兄！师兄你...话音未落，师兄胸口喷出黑血，用最后气力在他掌心写下二字。
三日后，青禾在粥棚。她摘下面具，露出半边溃烂的脸，将泼向人群。百姓惊恐后退时，凌云突然饮下粥水，胸口竟浮现与青禾相同的脓疱。
此乃同气连枝之毒！凌云撕开衣襟，不服者，可来取我性命！人群突然安静，老妇人颤巍巍跪下：请二位仙长收我为徒！
通州码头暴雨倾盆，凌云在沉船残骸中发现东厂炮舰。当他撬开底舱铁门，三十六个铁箱整齐排列，箱内防疫药粉下压着北元狼头徽记。撬开箱盖瞬间，毒雾弥漫——箱内竟是三百具身着明军铠甲的干尸！
这是周院使的。青禾举起火把，干尸眼眶中爬出荧光绿蛆虫，他们要用瘟疫制造十万阴兵，攻破北平城！
太医院地窖，凌云与许敬宗在药柜迷阵中对峙。当许敬宗亮出淬毒判官笔时，凌云甩出酒囊击碎灯笼。火光腾起的瞬间，他看见对方靴底沾着漠北红黏土——正是三日前通州沉船案的证物。
周天佑用二十年阳寿炼出冥火硫磺。许敬宗癫狂大笑，它能腐蚀《黄帝内经》里的正气！话音未落，凌云将雄黄酒泼向药柜，千年艾绒瞬间燃起青焰，将毒粉烧成靛蓝烟雾。
暴雨夜，凌云在闪电中看清虎符上的纹路——那竟是缩小版的漠北地图，每个山坳处都标着周氏私矿的标记。远处传来汽笛声，三艘挂着东厂旗帜的炮舰破雾而来。
青禾突然拽住他：大人！菌菇孢子要随风扩散！凌云猛然醒悟，将雄黄酒泼向东南方。白雾中，菌菇发出凄厉尖啸，化作青烟消散。